与政府签订的商铺转让使用合同约定50年期限，该期限约定本身因违反法律强制性规定而无效，但合同中其他不违反法律规定的部分仍可能有效。具体分析如下：

1. 法律对租赁期限的限制
   根据《民法典》第七百零五条规定，租赁期限不得超过二十年；超过二十年的，超过部分无效。商铺转让使用合同若涉及租赁性质（如政府将商铺使用权让渡给承租人使用），则最长有效期限为20年。即使合同约定50年，超出20年的部分（即第21年至第50年）也会被认定为无效。

2. 合同性质对期限的影响
   若合同性质并非租赁，而是出让、划拨等物权性质（如政府将商铺所有权或长期使用权以物权形式转让），则需进一步审查是否符合《民法典》关于物权设立的规定。但实践中，政府通常不会以物权形式直接转让商铺所有权，更多是通过租赁或特许经营方式授权使用，因此仍需优先适用租赁期限的限制。

3. 合同部分无效的处理
   根据《民法典》第一百五十六条，合同部分无效不影响其他部分效力的，其他部分仍有效。因此，若50年期限被认定无效，但合同中关于租金支付、使用范围、维修责任等条款不违反法律规定的，这些条款仍可继续履行。

4. 特殊情形下的例外
   若合同涉及国家重点扶持项目、公共利益项目（如基础设施、公益设施），且政府通过特别立法或政策授权延长使用期限（如BOT项目中的特许经营期），则可能突破20年限制。但此类情形需以具体法律文件为依据，普通商铺转让使用合同不适用。

建议：

• 审查合同具体条款，明确合同性质（租赁/物权转让）；
  
• 若为租赁合同，可与政府协商将期限调整为20年以内，或通过续签方式延长使用；
  
• 若已签订50年合同，可主张确认超出部分无效，并要求退还多支付的租金或调整租金标准。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体合同条款或案例。