商铺出售协议中约定实用权50年是不合法的。以下从多个角度进行分析：
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民法典》第七百零五条：“租赁期限不得超过二十年。超过二十年的，超过部分无效。租赁期限届满，当事人可以续订租赁合同；但是，约定的租赁期限自续订之日起不得超过二十年。”虽然此条款直接针对的是租赁合同，但商铺的“实用权”在法律性质上与租赁权有相似之处，即都是对商铺使用权的约定。在商铺买卖或长期使用协议中，若约定实用权期限超过法定上限，同样可能面临法律上的无效风险。
- 另外，商铺的所有权和使用权是两个不同的概念。所有权是永久的，但使用权（尤其是通过协议约定的长期使用权）则受到法律的限制。商铺出售协议中约定的“实用权”实际上是对商铺使用权的一种长期约定，这种约定必须符合法律规定。
法律后果：
- 如果商铺出售协议中约定实用权50年，那么超出法律规定的部分（即超过20年的部分）将被视为无效。这意味着，在协议履行过程中，如果发生纠纷，法院将不会支持超出法定期限的使用权约定。
- 此外，长期的使用权约定可能涉及其他法律问题，如土地使用权期限、商铺的折旧和维修责任等。这些问题都需要在协议中明确约定，以避免未来的法律纠纷。
实际操作建议：
- 在签订商铺出售协议时，应明确约定实用权的期限，并确保该期限符合法律规定。如果希望获得更长期的使用权，可以考虑通过续租或重新签订协议的方式来实现。
- 同时，协议中应明确约定双方的权利和义务，包括商铺的维修责任、折旧处理、违约责任等。这些条款将有助于保护双方的合法权益，减少未来的法律纠纷。
总结来说，商铺出售协议中约定实用权50年是不合法的，因为超出了法律规定的期限上限。在签订此类协议时，应确保实用权的期限符合法律规定，并明确约定双方的权利和义务。如果有任何疑问或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。