商铺使用权部分转让协议在符合法律规定的情况下是合法且有效的。以下从不同角度为您详细分析：
一、协议合法有效的条件
合同主体适格：
- 转让方和受让方必须具备相应的民事行为能力，能够独立实施民事法律行为。例如，双方应为完全民事行为能力人，或依法登记并在经营范围内活动的法人、非法人组织。
意思表示真实：
- 协议的签订必须基于双方的真实意愿，不存在欺诈、胁迫、重大误解等情形。双方在签订协议时应充分了解并接受协议条款，没有受到外部不当影响。
内容合法且不违反公序良俗：
- 协议内容不得违反法律、行政法规的强制性规定，也不得违背社会公共秩序和善良风俗。例如，商铺的使用用途必须是合法的商业经营活动，不能用于违法犯罪或违背公序良俗的行为。
形式合法：
- 尽管法律允许合同采用书面形式、口头形式或其他形式，但考虑到商铺使用权部分转让协议涉及较大的经济利益和较长时间的权利义务关系，通常建议采用书面形式以明确双方权利义务，避免日后纠纷。书面协议自双方当事人签字或盖章时成立并生效。
取得出租人同意（如涉及租赁关系）：
- 如果商铺涉及租赁关系，承租人转让部分使用权前需取得出租人的明确同意。未经出租人同意擅自转让，可能构成违约，出租人有权解除合同。根据《民法典》的相关规定，承租人经出租人同意，可以将租赁物转租给第三人。
二、协议可能无效的情形
主体不适格：
- 若一方或双方不具备相应的民事行为能力（如无民事行为能力人或限制民事行为能力人在未经法定代理人同意的情况下签订协议），则协议可能无效。
意思表示不真实：
- 包括欺诈（如隐瞒重要事实或提供虚假情况诱使对方签订协议）和胁迫（如以损害对方或其亲友的生命健康、荣誉、名誉、财产等为要挟迫使对方签订协议）等情形。
内容违法或违背公序良俗：
- 如果协议内容违反了法律、行政法规的强制性规定，或将商铺用于非法经营活动，或违背了社会公共秩序和善良风俗，则协议无效。
恶意串通损害他人合法权益：
- 协议双方当事人若为了谋取私利而恶意勾结，通过签订商铺使用权部分转让协议损害第三人的合法权益，则该协议同样无效。
三、法律建议
审查租赁合同：
- 在转让前，务必仔细审查租赁合同条款，确认是否允许部分使用权转让，并了解相关程序和限制。
与出租人沟通：
- 如需出租人同意，应提前与其沟通并取得书面同意，避免后续纠纷。
准备转让协议：
- 双方应签订书面转让协议，详细约定转让条件、价格、交付方式及时间等关键内容。
办理相关手续：
- 根据行业要求，办理必要的审批、备案或过户变更手续，确保经营活动的合法性。
受让方尽职调查：
- 受让方应对商铺的产权、租赁情况、经营状况等进行全面了解，以降低潜在的法律风险。
总结来看，商铺使用权部分转让协议的合法性和有效性取决于多个因素的综合考量。在实际操作中，当事人应确保协议符合所有法定要求，以避免潜在的法律风险。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。