1. 承包费的处理需视违法发包的具体情形及法律后果而定
   若民办非企业法人的发包行为因违反法律强制性规定（如未履行法定审批程序、发包对象不具备资质、违反招投标规定等）被认定为无效，根据《民法典》第157条，承包费的处理需分情况讨论：

   • 若承包人已实际履行合同：法院可能根据双方过错程度，判决返还承包费或折价补偿。例如，若发包方过错较大（如故意隐瞒资质问题），可能需返还全部或大部分承包费；若承包人明知违法仍参与，可能承担部分损失。
     
   • 若合同未履行或未完全履行：承包费可能被认定为“不当得利”，发包方需全额返还，但需扣除承包人已实际产生的合理成本（如前期投入）。
     

2. 行政处罚与民事责任可能并存

   • 行政责任：根据《民办非企业单位登记管理暂行条例》及相关行业法规，违法发包可能面临行政处罚（如罚款、责令整改、吊销许可证等），但行政处罚不影响民事合同效力的认定。
     
   • 民事责任：若发包行为损害第三方利益（如员工工资、供应商货款），承包费可能被优先用于清偿债务，剩余部分再按上述规则处理。
     

3. 特殊情形：承包费涉及非法目的
   若发包行为本身涉嫌违法（如以发包名义转移资产、逃避税务），承包费可能被认定为“赃款”或“非法所得”，依法予以没收或追缴，此时承包人可能无法主张返还。

建议：

• 立即停止违法发包行为，补办相关审批手续或终止合同；
  
• 梳理承包费收支明细，保留合同、付款凭证等证据；
  
• 咨询专业律师评估风险，必要时通过诉讼或协商解决争议。
  

如有进一步细节（如发包领域、合同条款、是否已产生纠纷等），可向我补充说明，以便更精准分析。