工程上产生的石料是否可以通过协议出让的方式处置，需结合具体情形判断，主要取决于石料的性质、权属及是否符合相关法律法规的规定。以下分情况说明：

1. 若石料属于工程废料或剩余土石方
   根据《固体废物污染环境防治法》及地方性矿产资源管理条例，工程产生的废料（如弃土、弃石）若未被认定为矿产资源，通常由施工单位按环保要求自行处理或委托有资质的单位处置，无需通过出让程序。但若废料具有再利用价值（如建筑用石料），需注意：

   • 若石料属于工程合同范围内已明确权属的剩余材料，且未被纳入矿产资源范畴，可通过协议约定由建设单位或施工单位处置；
     
   • 若石料被认定为矿产资源（如天然石材），则需遵守《矿产资源法》规定，原则上应通过招标、拍卖、挂牌等公开方式出让开采权，协议出让仅适用于特定情形（如国务院批准的重点项目、国家出资勘查后探明可供开采的矿产地等）。

2. 若石料属于矿产资源且需开采
   根据《矿产资源法》及《探矿权采矿权招标拍卖挂牌管理办法》，矿产资源开采权需通过公开竞争方式取得，协议出让受到严格限制。例外情形包括：

   • 国务院批准的重点矿产资源开发项目；
     为国家出资勘查形成矿产地且探矿权、采矿权灭失的矿产地；
     
   • 省级人民政府批准的储量规模为小型的矿产资源开发项目（需符合地方性法规）。
     若工程石料属于此类情形，可依法申请协议出让，但需满足严格的审批条件。

3. 实务建议

   • 权属核查：首先确认石料是否属于矿产资源（可咨询当地自然资源部门），若为普通工程废料，按废弃物处理；
     
   • 合规处置：若涉及矿产资源，需评估是否符合协议出让条件，避免因程序违法导致行政处罚或合同无效；
     
   • 合同设计：若通过协议处置，需明确权属转移、环保责任、价款支付等条款，并留存相关审批文件作为依据。

总结：工程石料能否协议出让需以“是否属于矿产资源”为前提，普通废料可协议处置，矿产资源则需严格遵循公开出让规则，例外情形需经法定程序批准。建议结合具体项目性质、地方政策及自然资源部门意见综合判断，必要时可提供详细资料进一步分析。