如果单位在医疗期内违法辞退员工，赔偿是按经济补偿标准的两倍来计算，这个经济补偿标准是基于员工在单位的工作年限和原工资来确定的，而非直接按医疗期工资赔偿；如果单位合法辞退医疗期员工，则无需支付赔偿金。 以下是具体分析：
一、违法辞退的情况
法律依据：
- 根据《劳动合同法》第四十二条，劳动者在医疗期内，用人单位不得依据第四十条、第四十一条的规定解除劳动合同。若用人单位违法解除，则需承担法律责任。
赔偿标准：
- 经济补偿：按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。这里的“月工资”是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资，而非医疗期工资。
- 赔偿金：由于用人单位是违法解除劳动合同，因此需按经济补偿标准的两倍向劳动者支付赔偿金。
计算公式：
- 赔偿金 = 经济补偿 × 2 = (工作年限 × 月工资) × 2（若工作年限为整数年）
- 或赔偿金 = (工作年限对应的整数年部分 × 月工资 + 0.5 × 月工资) × 2（若工作年限包含不满六个月的部分）
二、合法辞退的情况
法律依据：
- 若员工存在《劳动合同法》第三十九条规定的情形，如严重违反用人单位的规章制度、严重失职给用人单位造成重大损害等，即使员工在医疗期内，用人单位也可依法解除劳动合同，且无需支付赔偿金。
无需赔偿：
- 在这种情况下，由于辞退行为是合法的，因此用人单位无需向员工支付任何赔偿金或经济补偿。
三、特殊情况处理
医疗期结束后的处理：
- 医疗期结束后，如果员工仍无法从事原工作或用人单位另行安排的工作，用人单位可以提前三十日以书面形式通知劳动者本人或者额外支付劳动者一个月工资后，解除劳动合同，并支付经济补偿。
地方差异：
- 需要注意的是，虽然上述规定是全国性的，但具体执行时可能因地方政策或司法实践而有所差异。例如，某些地区可能对于医疗补助费有额外的规定。
四、建议与注意事项
保留证据：
- 对于员工而言，如果遭遇违法辞退，应保留好相关证据，如劳动合同、工资单、医疗证明、辞退通知等，以便在维权时使用。
及时咨询：
- 由于劳动纠纷涉及的法律条款较多且复杂，建议员工在遭遇此类问题时及时咨询专业律师，以便更好地维护自己的合法权益。
协商解决：
- 在可能的情况下，双方也可以尝试通过协商来解决纠纷，以避免不必要的法律诉讼和成本支出。
希望以上分析能对你有所帮助。如果你还有其他关于劳动工伤或医疗医患方面的问题，可以直接向我咨询。