在涉及有提成工资的情况下计算加班费，确实需要综合考虑多个因素，包括法律法规、劳动合同的约定以及员工的实际收入构成。以下是一个详细且有条理的计算方法与分析：

一、工资计算基数的确定

首先，我们需要明确加班费的计算基数。在有提成工资的情况下，加班费的计算通常不直接包含提成部分，而是基于劳动合同约定的工资或员工正常出勤的月工资（这包括基本工资、绩效工资等固定部分）。如果提成工资的计算已经考虑了加班因素，那么在计算加班费时，我们需要作相应的扣除。

1. 查看劳动合同：劳动合同中通常会明确约定工资的计算方式和加班费的支付标准。如果合同中有明确约定，我们应按照合同执行。

2. 确定固定工资部分：在无明确约定的情况下，我们通常以基本工资作为加班费的计算基数。如果基本工资和绩效工资等固定部分都有明确约定，也可以综合考虑这些部分来计算平均月工资作为基数。但需要注意的是，提成部分通常不计入加班费的计算基数。

二、加班时间的记录与统计

接下来，我们需要准确记录员工的加班时间，包括平时延长工作时间、休息日加班时间以及法定节假日加班时间。这是计算加班费的基础。

三、加班费的计算方法

根据加班时间的不同，加班费的支付比例也有所不同。具体计算方法如下：

1. 平时加班：

   • 加班费支付比例：不低于工资的150%。
   • 计算公式：基本工资/21.75/8×加班小时数×150%。

2. 休息日加班：

   • 如果不能安排补休，加班费支付比例：不低于工资的200%。
   • 计算公式：基本工资/21.75/8×加班小时数×200%。

3. 法定节假日加班：

   • 加班费支付比例：不低于工资的300%。
   • 计算公式：基本工资/21.75/8×加班小时数×300%。

四、特殊情况的处理

1. 提成工资与业绩完成时间的关联：

   • 如果提成工资与特定业绩完成时间相关，且提成在项目完成后确定，我们可以先按基本工资计算加班费。待提成确定后，再根据实际情况进行调整。

2. 提成工资包含加班因素的考量：

   • 如果提成工资已经考虑了加班因素，即加班完成的业绩已经在提成中得到了体现，那么在计算加班费时，我们需要适当扣除这部分报酬，以避免重复计算。

五、注意事项

1. 个人所得税：加班费需要缴纳个人所得税，应计入员工工资总额合并计算。

2. 劳动合同与公司政策：如果劳动合同或公司政策对加班费的计算有明确规定，我们应按照相应规定执行。

3. 证据保留：劳动者应保留好加班的相关证据，如加班记录、工作邮件等，以便在需要时维护自己的合法权益。

综上所述，计算有提成工资的加班费时，我们需要明确工资计算基数，准确记录加班时间，并根据加班类型和时间按比例进行计算。同时，我们还需要关注特殊情况的处理及注意事项，以确保计算结果的准确性和合法性。