在协议上写的被告住址和被告身份证地址不一致的情况下，法院管辖权的认定主要依据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，具体分析如下：

1. 一般地域管辖原则：

   • 根据《中华人民共和国民事诉讼法》第二十二条，对公民提起的民事诉讼，由被告住所地人民法院管辖；被告住所地与经常居住地不一致的，由经常居住地人民法院管辖。这里的“住所地”通常指的是公民户籍所在地的地址，即身份证上的地址。而“经常居住地”则是指公民离开住所地至起诉时已连续居住一年以上的地方，但公民住院就医的地方除外。
   • 若协议中的住址并非被告的经常居住地，且与被告身份证地址不一致，则一般应以被告身份证地址（即住所地）来确定管辖法院。

2. 特殊地域管辖与协议管辖：

   • 在某些特定类型的案件中，如合同纠纷、侵权纠纷等，法律可能规定了特殊的管辖原则，如合同履行地、侵权行为地等。
   • 此外，根据《中华人民共和国民事诉讼法》第三十五条，合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖，但不得违反本法对级别管辖和专属管辖的规定。若协议中明确约定了管辖法院，且该约定符合法律规定，则应以协议约定的法院为准。但需要注意的是，这种协议管辖仅适用于合同或者其他财产权益纠纷，且不得违反级别管辖和专属管辖的规定。

3. 实际操作中的考量：

   • 在实际操作中，如果协议中的住址与被告身份证地址不一致，且没有协议管辖的约定，法院通常会要求原告提供证据证明被告的经常居住地，以确定管辖法院。
   • 如果原告无法提供充分证据证明被告的经常居住地，或者被告的经常居住地确实难以确定，法院可能会依据被告的身份证地址来确定管辖法院。

建议：

• 在签订协议时，建议明确约定管辖法院，以避免因管辖权问题而产生的纠纷。
• 如果发生管辖权争议，建议及时收集并整理相关证据，如被告的居住证明、租房合同、水电费缴纳记录等，以证明被告的经常居住地。
• 在提起诉讼前，建议先咨询专业律师，以了解具体的法律程序和管辖规定，确保诉讼的顺利进行。

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