在工伤赔偿中，骨折手术费通常不会在赔偿下来后被扣掉。以下是对这一问题的详细解释：

一、工伤赔偿的基本原则

工伤赔偿是基于劳动者在工作中因工作原因受到事故伤害或患职业病后，依法应享受的医疗、康复、伤残等各项待遇。其核心原则是保障劳动者的合法权益，确保劳动者在遭受工伤后能够得到及时、有效的救治和补偿。

二、骨折手术费在工伤赔偿中的地位

骨折手术费是劳动者因工伤导致的直接医疗费用，属于工伤赔偿的范畴。根据《工伤保险条例》等相关法律法规的规定，劳动者因工伤发生的医疗费用，包括手术费、药费、住院费等，均应由工伤保险基金或用人单位承担。

三、赔偿流程与手术费的处理

1. 工伤认定：首先，劳动者需要向当地社会保险行政部门提出工伤认定申请。经认定属于工伤的，劳动者才能享受工伤待遇。
2. 医疗救治：在工伤认定后，劳动者应尽快到定点医疗机构进行救治。骨折手术费作为医疗费用的一部分，将由工伤保险基金或用人单位直接支付给医疗机构。
3. 赔偿申请：劳动者在医疗终结后，可以向工伤保险经办机构或用人单位提出赔偿申请。赔偿申请中应包括医疗费用、伤残津贴、一次性工伤医疗补助金等各项待遇。
4. 赔偿支付：工伤保险经办机构或用人单位在审核赔偿申请后，将按照规定的标准向劳动者支付赔偿金。骨折手术费作为已发生的医疗费用，通常会在赔偿金中一并支付，而不会在赔偿下来后被扣掉。

四、特殊情况下的处理

虽然骨折手术费在工伤赔偿中通常不会被扣掉，但也存在一些特殊情况需要注意：

1. 医疗费用超出规定范围：如果劳动者的医疗费用超出了工伤保险基金或用人单位规定的范围，超出部分可能需要由劳动者自行承担。但这种情况并不常见，且通常会在工伤认定和医疗救治阶段就进行明确告知。
2. 存在第三方责任：如果工伤事故是由第三方造成的，且第三方已经承担了部分或全部医疗费用，那么工伤保险基金或用人单位在支付赔偿金时可能会扣除这部分已由第三方承担的费用。但这种情况并不影响骨折手术费本身在工伤赔偿中的地位。

五、建议与注意事项

1. 及时申请工伤认定：劳动者在遭受工伤后，应尽快向当地社会保险行政部门提出工伤认定申请，以确保自己的合法权益得到保障。
2. 保留好医疗费用凭证：劳动者在医疗救治过程中，应妥善保管好所有医疗费用凭证，以便在申请赔偿时提供证明。
3. 咨询专业律师：如果劳动者在工伤赔偿过程中遇到任何问题或疑问，可以随时向我咨询，我将根据具体情况提供专业的法律建议和帮助。

综上所述，骨折手术费在工伤赔偿中通常不会被扣掉。劳动者在遭受工伤后，应积极了解相关法律法规和政策，确保自己的合法权益得到充分保障。