行政协议无效的确认主体主要是人民法院。以下是对这一问题的详细分析：
行政协议无效确认的一般原则：
- 行政协议，作为行政机关与公民、法人或其他组织之间设立、变更、终止行政法律关系的协议，其效力问题同样受到法律的严格规范。当行政协议存在无效情形时，如违反法律、行政法规的强制性规定，或者损害国家利益、社会公共利益等，其无效性需要通过法定程序进行确认。
- 在我国法律体系中，人民法院是审理行政协议纠纷、确认行政协议效力的主要机关。行政协议的双方当事人，如果对协议的效力存在争议，可以向人民法院提起诉讼，由人民法院根据事实和法律进行裁决。
行政协议无效确认的具体情形：
- 当事人提起诉讼：行政协议的双方当事人，如果认为协议存在无效情形，可以依法向人民法院提起诉讼，请求确认协议无效。人民法院在受理案件后，会依法进行审理，并根据审理结果作出裁决。
- 行政机关自我纠正：虽然行政机关不是确认行政协议无效的直接主体，但在某些情况下，行政机关在发现行政协议存在无效情形时，可以主动采取措施进行纠正，如撤销或变更协议等。然而，这种自我纠正行为并不等同于对协议无效性的法律确认，其法律效力仍需通过人民法院的裁决来最终确定。
- 利害关系人申请复议或诉讼：除了行政协议的双方当事人外，与行政协议有利害关系的第三人，如果认为协议损害了其合法权益，也可以依法向人民法院提起诉讼或申请行政复议，请求确认协议无效或撤销协议。在这种情况下，人民法院或复议机关同样会对协议的效力进行审查，并作出相应的裁决。
法律建议：
- 对于行政协议的双方当事人来说，在签订协议前应充分了解相关法律法规和政策规定，确保协议内容合法合规。如果发现协议存在无效情形，应及时采取措施进行纠正或寻求法律救济。
- 对于利害关系人来说，如果认为行政协议损害了其合法权益，应依法及时向人民法院提起诉讼或申请行政复议，以维护自己的合法权益。
总结来说，行政协议无效的确认主体主要是人民法院。在行政协议纠纷中，当事人或利害关系人应依法向人民法院提起诉讼或申请行政复议，由人民法院根据事实和法律对协议的效力进行裁决。如果你在行政协议方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。