关于公司培训费是否合法的问题，这主要取决于培训的性质以及双方是否有明确的约定。

首先，我们需要明确的是，根据《中华人民共和国职业教育法》的相关规定，对职工和准备录用人员进行职业教育（培训）的费用，原则上应由企业承担。这通常指的是那些为了满足企业正常生产经营需求，对员工进行的基础性、通用性的职业培训，比如新员工入职培训、岗位技能培训等。这类培训是员工能够胜任工作所必需的，因此其费用应由企业自行承担。

然而，也存在另一种情况，即专项技术培训。根据《中华人民共和国劳动合同法》第二十二条的规定，如果用人单位为劳动者提供了专项培训费用，并进行了专业技术培训，那么用人单位可以与劳动者订立协议，约定服务期和违约金。在这种情况下，如果劳动者在服务期内离职，且未按照约定支付违约金，那么用人单位有权要求劳动者支付相应的培训费用（但违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用，且不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用）。

现在，我们回到具体的问题上。如果公司提供的培训是基础性、通用性的职业培训，那么要求员工支付培训费用是不合法的。相反，如果公司提供的培训是专项技术培训，并且双方已经签订了合法的服务期协议，那么在一定条件下，公司可以要求员工支付培训费用（但需符合上述法律规定的限制）。

以您提供的案例为例，法院最终判决公司向员工支付被扣发的工资，正是因为法院认定该培训更具有岗前培训的特征，属于用人单位为满足正常生产经营需求而应自行承担的必要成本，依法不得以此设定服务期并索要违约金。

因此，公司培训费是否合法，取决于培训的性质以及双方是否有明确的、合法的约定。对于员工而言，在签订培训服务协议时，应仔细阅读协议内容，明确自己的权利和义务；对于公司而言，应规范自身用工管理，确保培训费用的承担符合法律规定。如果双方在培训费用问题上存在争议，可以通过仲裁、诉讼等途径解决。