辞退涉密人员的赔偿问题，需结合涉密人员管理规定、劳动合同约定及《劳动合同法》相关规定综合判断，具体赔偿方式需分情况讨论：

1. 协商一致解除劳动合同
   若用人单位与涉密人员协商一致解除合同，需按《劳动合同法》第47条支付经济补偿金：
   

• 补偿标准：按劳动者在本单位工作年限，每满1年支付1个月工资（6个月以上不满1年按1年计算，不满6个月支付半个月工资）；
  
• 特殊情形：若涉密人员月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资3倍的，补偿标准按3倍工资计算，且补偿年限最高不超过12年。

1. 用人单位单方解除劳动合同
   若用人单位因涉密人员严重违反保密义务（如泄露商业秘密、国家秘密等）单方解除合同，无需支付经济补偿金，但需满足以下条件：
   

• 程序合法：需提前将解除理由通知工会（如有），并留存书面证据；
  
• 事实充分：需证明涉密人员存在重大过失或故意行为（如监控记录、第三方鉴定报告等）；
  
• 制度依据：劳动合同或保密协议中需明确约定保密义务及违约责任。

1. 涉密人员主动离职
   若涉密人员因个人原因主动离职，用人单位无需支付经济补偿金，但需注意：
   

• 脱密期管理：根据《劳动合同法》及行业规定，涉密人员离职前可能需经历脱密期（通常为3-6个月），期间用人单位可调整其岗位至非涉密工作，但需按原工资标准支付报酬；
  
• 竞业限制补偿：若双方约定竞业限制条款，用人单位需在竞业限制期内按月支付补偿金（通常为离职前12个月平均工资的30%-50%）。

风险提示：

• 若用人单位未依法支付经济补偿金或违反脱密期管理规定，涉密人员可能通过劳动仲裁要求补发补偿或赔偿损失；
  
• 若涉密人员泄露秘密造成损失，用人单位可依据《反不正当竞争法》《刑法》等追究其民事或刑事责任。

建议：

1. 审查劳动合同、保密协议及竞业限制条款，明确双方权利义务；
   
2. 留存涉密人员违反保密义务的证据（如书面警告、鉴定报告等）；
   
3. 协商解除时，建议签订书面协议明确补偿金额及保密义务延续条款。
   

如有具体案例或合同条款需要分析，可直接向我咨询。