迟到本身并不能直接成为公司取消保底工资的合法理由。以下是对此问题的详细分析：

1. 保底工资的性质与法律规定：

   • 保底工资通常是劳动合同中约定的，确保劳动者在特定条件下（如未完成定额任务、市场不景气等）仍能获得的基本工资保障。
   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。这包括基本工资、奖金、津贴等所有形式的报酬。

2. 迟到与工资扣除的合法界限：

   • 迟到属于违反劳动纪律的行为，但公司不能因此直接取消保底工资。公司可以依据内部规章制度对迟到行为进行处罚，如扣减部分绩效奖金、警告、记过等，但这些处罚应当合理且符合法律法规的规定。
   • 根据《工资支付暂行规定》第十六条，若劳动者因个人原因给用人单位造成经济损失，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，且每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。然而，这一规定并不适用于迟到等轻微违纪行为导致的工资扣除，更不适用于保底工资的取消。

3. 公司规章制度的合法性审查：

   • 如果公司规章制度中明确规定了迟到可以取消保底工资，这一规定可能因违反法律法规而无效。因为保底工资是劳动合同中的重要条款，公司不能单方面通过规章制度来变更或取消。
   • 劳动者有权对公司的规章制度提出异议，并可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。

4. 实际操作建议：

   • 对于劳动者而言，如果公司以迟到为由取消保底工资，应当首先查看劳动合同和公司规章制度中是否有相关约定。如果没有明确约定或约定违法，劳动者可以与公司协商解决，或向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁。
   • 对于公司而言，应当制定合法合理的规章制度，明确迟到等违纪行为的处罚措施，并确保这些措施不违反法律法规的规定。同时，公司应当加强与劳动者的沟通，确保劳动者了解并遵守公司的规章制度。

总结来说，迟到本身并不能直接成为公司取消保底工资的合法理由。公司应当依据法律法规和劳动合同的约定，合理处理迟到等违纪行为，并确保劳动者的合法权益不受侵害。如果你或你身边的人遇到了类似的问题，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供详细的法律建议。