结论：公司被员工小额仲裁输了后，选择执行还是起诉，需根据具体情况综合判断。以下从不同角度进行分析，帮助您做出决策。
一、若选择执行
法律背景：
- 仲裁裁决具有法律效力，一旦裁决生效，双方均应履行。若公司不履行，员工有权向法院申请强制执行。
- 执行程序相对简便，法院会依法采取查封、扣押、冻结等措施，确保裁决得到履行。
可能后果：
- 积极后果：公司及时履行裁决，避免进一步法律纠纷和声誉损失。
- 消极后果：若公司拒不履行，可能面临法院强制执行措施，如银行账户被冻结、财产被查封等，甚至可能被列入失信被执行人名单，影响公司信用和正常运营。
建议：
- 若公司认可仲裁裁决，或认为履行裁决的成本低于继续诉讼的成本，建议选择执行，以维护公司声誉和避免进一步法律风险。
二、若选择起诉（即申请撤销仲裁裁决或不予执行仲裁裁决）
法律背景：
- 根据《劳动争议调解仲裁法》等相关法律法规，公司可以在特定条件下向法院申请撤销仲裁裁决或不予执行仲裁裁决。
- 申请撤销或不予执行的理由通常包括：仲裁程序违法、仲裁裁决超出仲裁协议范围、仲裁员有贪污受贿等违法行为等。
可能后果：
- 积极后果：若法院支持公司的申请，仲裁裁决将被撤销或不予执行，公司无需履行原裁决。
- 消极后果：若法院驳回公司的申请，公司仍需履行原裁决，并可能承担额外的诉讼费用和时间成本。此外，继续诉讼还可能进一步损害公司声誉和员工关系。
建议：
- 评估理由充分性：公司应仔细评估申请撤销或不予执行的理由是否充分、合法，以及是否有足够的证据支持。
- 考虑成本效益：公司应权衡继续诉讼的成本（包括时间、金钱、声誉等）与可能获得的收益（即撤销或不予执行仲裁裁决）。
- 咨询专业律师：在做出决策前，建议公司咨询专业律师，以获取更具体、更专业的法律建议。
三、综合建议
- 若仲裁裁决无明显错误且公司认可：建议选择执行，以维护公司声誉和避免进一步法律风险。
- 若仲裁裁决存在明显错误或公司有充分理由认为裁决不公：可以考虑申请撤销或不予执行仲裁裁决，但需充分评估理由充分性和成本效益。
- 无论选择哪种方式：都应保持与员工的沟通，尽量通过协商解决问题，以减少法律纠纷对公司运营的影响。
最后，每个案件的具体情况都有所不同，因此上述建议仅供参考。若您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更具体、更专业的法律建议。