结论：在因司法鉴定违法提起行政诉讼时，若司法鉴定机构并非行政机构，则不能直接将其列为被告。此时，应根据司法鉴定机构的具体性质及行为情况，确定合适的被告主体。以下从不同角度进行详细分析：

1. 司法鉴定机构的性质与行为分析：

   • 司法鉴定机构通常分为两类：一类是社会鉴定机构，这类机构一般属于社会中介组织，并非行政机关；另一类是司法机关内设的鉴定机构，如法院、检察院的鉴定部门，这些机构虽与司法机关有关联，但本身也不具备行政机关的性质。
   • 当司法鉴定机构（无论社会性质还是内设性质）在鉴定过程中存在违法行为，且该行为对当事人的合法权益造成了损害时，当事人有权寻求法律救济。然而，由于这些机构并非行政机关，因此不能直接作为行政诉讼的被告。

2. 确定被告主体的原则：

   • 行政诉讼被告确定原则：在行政诉讼中，被告通常是作出具体行政行为的行政机关。若司法鉴定机构的行为被认定为行政行为（这在实际中较为罕见，因为司法鉴定通常被视为技术性服务），且该行为违法，那么理论上应由作出该行为的行政机关（如委托鉴定的行政机关）作为被告。但更多情况下，司法鉴定行为并不直接构成行政行为。
   • 民事侵权或违约责任：若司法鉴定机构的行为构成民事侵权或违约，当事人可以通过民事诉讼途径寻求救济。此时，被告应为司法鉴定机构本身，但诉讼性质为民事诉讼而非行政诉讼。
   • 特殊情况下的被告确定：在某些特殊情况下，如司法鉴定机构受行政机关委托进行鉴定，且鉴定行为被认定为行政机关的延伸行为，那么行政机关可能成为被告。但这需要具体分析委托关系、鉴定行为的性质及法律后果等因素。

3. 具体建议：

   • 分析鉴定行为性质：首先，应仔细分析司法鉴定行为的性质，判断其是否构成行政行为、民事侵权行为还是违约行为。
   • 确定诉讼类型：根据鉴定行为的性质，确定应提起的诉讼类型（行政诉讼、民事诉讼等）。
   • 选择合适被告：在确定诉讼类型后，根据相关法律规定选择合适的被告主体。若鉴定行为不构成行政行为，则不能直接将司法鉴定机构列为行政诉讼的被告。
   • 收集证据：无论选择何种诉讼类型，都应积极收集证据，证明司法鉴定机构的行为违法且对自己造成了损害。

进一步思考：在处理此类案件时，还需注意司法鉴定机构的资质、鉴定程序的合法性以及鉴定结论的证据效力等问题。这些问题不仅可能影响被告主体的确定，还可能对案件的最终结果产生重大影响。因此，在提起诉讼前，建议当事人充分咨询专业律师，对案件进行全面评估和分析。

最后：若您在此类问题上仍有疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我作为专业律师，将为您提供全面、准确的法律解答和咨询服务。