针对被告要求做司法鉴定，但原告提交材料不全，鉴定机构以案件太复杂为由不予受理的情况，可以从以下几个方面着手处理：

1. 了解不受理的具体原因

   • 材料问题：首先，需要明确鉴定机构不予受理是否仅因为材料不全。根据《司法鉴定程序通则》等相关规定，鉴定材料不完整、不真实或与鉴定事项无关，都可能导致不受理。例如，在人身伤害伤残鉴定中，若缺少关键的病历资料、影像片等，鉴定机构无法准确判断伤情和伤残等级。因此，应仔细查看鉴定机构给出的不予受理通知书，明确指出的材料问题。
   • 案件复杂性问题：若鉴定机构以案件太复杂为由不予受理，需要了解具体复杂在哪里，是技术难度、法律争议还是其他方面。这有助于针对性地解决问题，比如补充更详细的材料或寻求更专业的鉴定机构。

2. 补充和完善鉴定材料

   • 重新收集证据：根据鉴定机构的要求，尽快重新收集相关证据和材料。确保提供的材料真实、合法、完整，能够充分反映案件事实。
   • 与鉴定机构沟通：在补充材料的过程中，与鉴定机构保持密切沟通，了解其对鉴定材料和程序的具体要求，确保补充的材料符合鉴定机构的标准。

3. 与鉴定机构沟通协商

   • 了解具体要求：以诚恳、理性的态度与鉴定机构的工作人员进行沟通，说明自己的情况和需求，听取他们的解释和建议。
   • 寻求解决方案：针对存在的问题，共同探讨解决方案。例如，鉴定机构可能会提出一些改进的建议，或者推荐其他合适的鉴定机构。积极配合鉴定机构提出的解决方案，如按照要求进行材料的修改和补充。

4. 向其他鉴定机构申请

   • 选择有资质的机构：如果当前鉴定机构确实无法受理，可以向其他具有相应资质和能力的司法鉴定机构提出申请。在选择时，要了解不同鉴定机构的管辖范围和业务能力，确保选择的机构具备处理该案件的能力和资质。
   • 遵循法定程序：在申请过程中，应严格遵循相关法律法规和程序规定，确保申请的合法性和有效性。

5. 请求法院指定鉴定机构

   • 依据法律规定：根据《中华人民共和国民事诉讼法》等相关法律法规的规定，当事人可以就查明事实的专门性问题向人民法院申请鉴定。
   • 由法院指定：如果双方当事人协商不成或人民法院认为需要，可以由人民法院指定具备资格的鉴定人进行鉴定。这是一种有效的解决途径，可以确保鉴定的公正性和权威性。

6. 监督与救济途径

   • 投诉举报：如果发现鉴定机构存在违规操作或拒绝受理无正当理由的情况，可以向司法行政机关或相关行业协会进行投诉举报。司法行政机关和行业协会会对鉴定机构的行为进行调查和处理，维护当事人的合法权益。
   • 法律救济：对于因鉴定机构不受理而遭受损失的当事人，可以通过法律途径寻求救济，如提起民事诉讼等。在诉讼过程中，可以要求鉴定机构承担因其不受理行为而造成的损失。

建议：在整个处理过程中，要保持与鉴定机构、法院以及相关部门的良好沟通，确保信息的畅通和问题的及时解决。同时，要密切关注案件的进展和鉴定结果，以便及时调整策略和维护自己的合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。