结论：农转合一批复是否违法适用《行政许可法》，需根据该批复的具体性质、内容及实施程序来判断。若该批复涉及行政许可事项且未遵循《行政许可法》的相关规定，则可能构成违法适用。

分析：

1. 农转合一批复的性质：

   • “农转合”通常指的是农村集体土地转为集体经营性建设用地，或农村集体经济组织转为股份合作制企业等过程。这一过程中涉及的批复，其性质可能因具体情境而异，可能涉及土地管理、企业改制、规划许可等多个方面。
   • 若该批复涉及对特定事项（如土地使用、企业设立等）的许可或批准，且该事项属于《行政许可法》调整的范围，则应适用《行政许可法》。

2. 《行政许可法》的适用范围：

   • 《行政许可法》适用于行政机关根据公民、法人或者其他组织的申请，经依法审查，准予其从事特定活动的行为。这包括直接涉及国家安全、公共安全、经济宏观调控、生态环境保护以及直接关系人身健康、生命财产安全等特定活动的事项。
   • 若农转合一批复涉及上述范围内的活动，且未按照《行政许可法》的规定进行申请、审查、决定等程序，则可能构成违法适用。

3. 违法适用的法律后果：

   • 若农转合一批复违法适用了《行政许可法》，相关行政机关可能面临被责令改正、撤销批复、给予行政处分等法律后果。
   • 同时，因违法批复而受到损害的公民、法人或其他组织，有权依法提起行政诉讼或申请行政复议，要求赔偿损失或撤销违法批复。

4. 具体判断标准：

   • 是否涉及行政许可事项：首先需判断农转合一批复是否涉及需要行政许可的事项。
   • 是否遵循法定程序：若涉及行政许可事项，则需进一步判断该批复是否遵循了《行政许可法》规定的申请、审查、决定等程序。
   • 是否超越职权或滥用职权：还需审查批复机关是否在其职权范围内作出批复，以及是否存在滥用职权的情况。

建议：

• 对于涉及农转合一批复的当事人，若对该批复的合法性存在疑问，建议首先查阅相关法律法规，了解该批复是否涉及行政许可事项及应适用的法律程序。
• 若认为批复违法适用了《行政许可法》，可依法向相关行政机关提出异议或申请行政复议，必要时可提起行政诉讼以维护自身合法权益。
• 在处理此类问题时，建议咨询专业律师以获取更具体、更专业的法律意见和帮助。

如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。