针对您提出的“已取得农转批复的违法用地怎么处理”的问题，这确实是一个涉及土地管理和法律责任的复杂问题。以下是我根据相关法律法规和政策，为您提供的详细解答：
首先，需要明确的是，即使已经取得了农转批复（即农用地转为建设用地的批准），但如果后续的使用行为违反了土地管理法规，仍然会面临相应的法律责任。这主要包括非法占地、破坏耕地、非法转让土地等几种情形。
一、非法占地类处理
责令退还：如果未经批准或采取欺骗手段骗取批准，非法占用了土地，那么由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还非法占用的土地。
拆除或没收：对于在非法占用的农用地上新建的建筑物和其他设施，如果违反了土地利用总体规划，那么会责令限期拆除，恢复土地原状。如果符合土地利用总体规划，则可能会予以没收。
罚款：根据占用的土地类型（如永久基本农田、一般耕地、其他土地等），会处以不同标准的罚款。
刑事责任：如果非法占用永久基本农田达到一定面积（如5亩以上），或一般耕地达到一定面积（如10亩以上），并改变土地用途，造成耕地大量毁坏的，还可能以非法占用农用地罪论处，面临刑事处罚。
二、破坏耕地类处理
如果违法占用耕地进行建窑、建坟、建房、挖砂、采石、采矿、取土等活动，破坏了种植条件，或因开发土地造成土地荒漠化、盐渍化的，那么由县级以上人民政府自然资源主管部门、农业农村主管部门等按照职责责令限期改正或者治理，并可能处以罚款。如果破坏的是永久基本农田，罚款标准会更高。
三、非法转让土地类处理
如果买卖或者以其他形式非法转让土地，那么由县级以上人民政府自然资源主管部门没收违法所得，并可能处以罚款。如果非法转让、倒卖永久基本农田或一般耕地达到一定面积，或非法获利达到一定金额，还可能以非法转让、倒卖土地使用权罪追究刑事责任。
四、综合处理建议
立即停止违法行为：一旦发现存在违法用地行为，应立即停止，避免进一步扩大损失和法律责任。
积极配合调查：如果相关部门已经介入调查，应积极配合，提供必要的资料和证据。
寻求法律帮助：如果对处理结果有异议或不清楚如何处理，可以寻求专业律师的法律帮助。
整改与恢复：根据相关部门的整改要求，及时进行整改和恢复土地原状。
综上所述，已取得农转批复的违法用地仍然可能面临行政处罚、经济处罚甚至刑事责任。因此，建议在使用土地时严格遵守相关法律法规和政策要求，确保合法合规使用土地。