针对您提出的“用地批单被人民政府确认违法后怎么处理”的问题，这是一个涉及土地管理法规和政策的重要议题。以下是我为您提供的清晰、详细、有深度的解答：
首先，当用地批单被人民政府确认违法后，首要的处理原则是“先处罚、后补办”。这意味着，在违法用地行为得到依法查处（包括罚款、整改、追责等程序）之前，不得通过补办手续使违法用地合法化。这是为了落实严格的执法监管政策，旨在遏制违法用地行为，确保土地管理秩序。
具体处理流程如下：
立案调查与行政处罚：
- 自然资源主管部门会对违法地块进行立案，明确违法主体、面积、用途、违法性质等信息。
- 下发《行政处罚决定书》，包括责令退还土地、限期拆除/没收、罚款等措施。罚款标准根据《土地管理法》及相关规定执行，如非法占用土地每平方米可能面临100-1000元的罚款。
- 对单位负责人或直接责任人进行责任追究，可能移交纪检监察机关或司法机关处理。
执行处罚与整改：
- 对于不符合国土空间规划的违法建筑，如占用永久基本农田，必须拆除并恢复土地原状。
- 对于符合规划的违法建筑，如工业用地未批先用，可没收后移交地方政府处置。
- 违法单位需足额缴纳罚款及滞纳金，逾期未缴将申请法院强制执行。
- 整改完成后，由自然资源部门进行现场验收，确认土地恢复或没收处置到位，并在相关系统中销号，解除违法状态。
补办建设用地审批：
- 在完成处罚和整改后，若地块已纳入国土空间规划确定的建设用地范围，且落实耕地占补平衡（如涉及耕地占用）、缴纳土地出让金及相关税费、无其他违法违规行为（如生态保护红线冲突），则可申请补办手续。
此外，还有一些特殊情况的处理方式：
- 符合规划但未批先用的项目：若项目符合规划且属民生、基础设施等公益性质，可没收建筑物后补办手续；若属商业开发，需从严审核，可能要求重新招拍挂。
- 历史遗留违法用地：对因政策调整或历史原因形成的违法用地，可按“分类处置”政策处理，但仍需履行处罚程序。
若未履行处罚程序而补办手续，可能面临以下后果：
- 补办手续无效，可能被上级部门撤销或认定为无效。
- 用地单位可能面临二次处罚，甚至被追究非法占用土地罪的刑事责任。
- 违法主体将被列入“土地市场失信名单”，影响后续拿地、融资等。
因此，我建议您在发现违法用地行为后，应主动配合查处，立即整改，避免被列入重大典型案件公开通报。同时，确保违法地块符合国土空间规划，准备完整材料，以便在补办手续时能够顺利通过。
最后，需要强调的是，以上处理流程和政策依据均来源于《中华人民共和国土地管理法》及相关实施条例、自然资源部的通知等文件。在实际操作中，还需根据当地的具体政策和规定进行执行。