工厂扣学徒工资是否合法，需分情况讨论：
若学徒与工厂之间构成劳动关系：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动者享有取得劳动报酬的权利，用人单位不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。因此，如果学徒与工厂之间签订了劳动合同，形成了劳动关系，那么工厂扣学徒工资的行为一般是不合法的。
- 在这种情况下，学徒有权要求工厂支付被扣的工资，并可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
若学徒与工厂之间构成培训合同关系，而非劳动关系：
- 如果学徒与工厂之间签订的是培训合同，且合同中明确约定了学徒在培训期间需要遵守的规则以及工厂有权扣除部分费用作为培训成本或违约金的条款，那么工厂在学徒违反合同约定的情况下，按照合同约定扣除部分费用可能是合法的。但需要注意的是，这种扣除必须符合合同约定，且扣除的金额应当合理，不能违反法律法规的强制性规定。
- 如果合同中没有明确约定扣除工资的情况，或者扣除的金额不合理，那么工厂扣学徒工资的行为仍然可能是不合法的。
特殊情况下的工资扣除：
- 根据相关法律法规，用人单位在特定情况下可以扣除劳动者的工资，如代扣代缴个人所得税、社会保险费等。但这些扣除必须符合法律法规的规定，且扣除的金额应当合理。
- 如果工厂以其他非法理由扣除学徒工资，如以罚款、赔偿等名义随意扣除，那么这种行为是不合法的。
建议与行动指南：
- 核实关系性质：首先，学徒需要核实自己与工厂之间是劳动关系还是培训合同关系。这可以通过查看签订的合同、工作性质、工资支付方式等方面来判断。
- 审查合同条款：如果是培训合同关系，学徒需要仔细审查合同条款，了解工厂是否有权扣除工资以及扣除的条件和金额。
- 与工厂沟通：如果学徒认为工厂扣工资的行为不合法，可以先与工厂进行沟通，了解扣工资的具体原因，并尝试协商解决。
- 寻求法律援助：如果沟通无果，学徒可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在必要时，也可以寻求专业律师的帮助。
总结：工厂扣学徒工资是否合法取决于学徒与工厂之间的关系性质以及合同条款的约定。在劳动关系下，工厂一般不得扣学徒工资；在培训合同关系下，需根据合同条款来判断。如有疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。