结论：在购买的摩托车发动机存在质量问题的情况下，您可以根据具体情况选择起诉销售门店或生产厂商，甚至可以将两者列为共同被告。具体选择取决于多个因素，包括合同关系、产品质量责任以及实际操作的便利性等。以下是对此问题的详细分析：
起诉销售门店：
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》中关于买卖合同的规定，销售者有义务提供符合质量标准的产品。如果销售门店销售的产品存在质量问题，您有权要求其承担违约责任，包括赔偿损失等。
- 实际操作：起诉销售门店通常更为直接和便利，因为销售门店是您直接交易的对象，且可能更容易找到和联系。此外，如果销售门店在销售过程中存在过错（如未尽到检验义务），则更有可能被判定承担责任。
起诉生产厂商：
- 法律依据：根据《中华人民共和国产品质量法》的规定，生产者应当对其生产的产品质量负责。如果产品存在缺陷，造成人身、缺陷产品以外的其他财产损害的，生产者应当承担赔偿责任。
- 实际操作：虽然起诉生产厂商可能涉及更复杂的法律程序和更长的诉讼周期，但如果质量问题确实是由生产环节造成的，且销售门店能够证明其无过错，那么起诉生产厂商可能是更合适的选择。此外，如果生产厂商具有更强的赔偿能力，起诉生产厂商也可能更有利于您获得充分的赔偿。
起诉销售门店和生产厂商：
- 法律依据：在产品质量问题中，销售者和生产者可能都存在一定的责任。根据法律规定，您有权选择起诉其中一方或双方共同承担责任。
- 实际操作：如果您认为销售门店和生产厂商都应对产品质量问题负责，且您希望获得更全面的赔偿，那么可以选择将两者列为共同被告。这样不仅可以增加获得赔偿的可能性，还可以在诉讼过程中更全面地查明事实真相。
建议：
- 在决定起诉之前，建议您先收集相关证据，如购买合同、发票、产品质量检验报告等，以证明产品质量问题的存在以及您因此遭受的损失。
- 您可以先尝试与销售门店或生产厂商进行协商，看是否能够达成和解协议，以节省诉讼成本和时间。
- 如果协商无果，您可以根据自己的实际情况和上述分析，选择起诉销售门店、生产厂商或两者共同承担责任。
可能后果：
- 如果法院认定销售门店或生产厂商存在过错，并判定其承担赔偿责任，那么您将有权获得相应的赔偿，包括修复费用、更换费用、退货退款以及因质量问题导致的其他损失等。
- 如果法院认定您也存在一定的过错（如未按照使用说明正确使用产品），那么可能会减轻销售门店或生产厂商的赔偿责任。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。