当犯罪嫌疑人不在管辖地时，司法机关会依据法律规定和实际情况采取相应措施，确保案件能够依法处理。以下是具体说明：

1. 指定管辖或移送管辖
   根据《刑事诉讼法》第二十五条，若犯罪地或犯罪嫌疑人居住地不在同一地区，可由最初受理的公安机关、检察院或法院将案件移送至主要犯罪地的司法机关处理。若存在管辖争议，可由共同上级机关指定管辖。例如，犯罪行为发生在A地，但嫌疑人长期居住在B地，此时可能由A地或B地司法机关管辖，或由上级指定其中一方处理。

2. 跨区域协作与通缉
   若嫌疑人逃匿至其他地区，公安机关会通过跨区域协作机制（如网上追逃、协查通报）请求当地警方协助抓捕。若嫌疑人涉嫌严重犯罪（如暴力犯罪、团伙犯罪），公安机关可依法发布通缉令，全国范围内追捕。

3. 特殊情况下的处理

   • 境外逃匿：若嫌疑人在境外，司法机关可通过国际刑警组织发布红色通缉令，或依据引渡条约、刑事司法协助条约请求外国协助抓捕、遣返。
     
   • 身份不明或下落不明：若嫌疑人身份无法确认或下落不明，公安机关会继续侦查，同时可依法对涉案财物采取查封、扣押、冻结等措施，防止财产转移。

建议：若您或他人涉及此类情况，建议及时委托律师介入，协助与司法机关沟通，了解案件进展，维护合法权益。如有具体问题，可直接向我咨询，我会结合案件细节提供专业分析。