针对您提出的“交通事故疑难伤残鉴定，申请司法鉴定研究院进行鉴定但保险公司反对”的问题，核心结论是：您有权坚持申请司法鉴定研究院进行鉴定，并可通过协商、投诉或诉讼等途径解决与保险公司的分歧。以下是具体分析和建议：

1. 明确鉴定机构的合法性与权威性
   司法鉴定研究院作为具备法定资质的鉴定机构，其出具的鉴定结论具有法律效力。根据《司法鉴定程序通则》，只要鉴定程序合法、依据充分，保险公司无权单方面否定其效力。若保险公司仅以“不认可”为由反对，您可要求其出具书面异议并说明理由，同时保留向监管部门投诉的权利。

2. 与保险公司协商的技巧

   • 要求保险公司明确反对理由：若保险公司以“鉴定机构非指定”或“程序瑕疵”为由反对，您可要求其提供具体依据（如保险合同条款、行业规范等）。若理由不成立，可强调司法鉴定结论的优先性。
     
   • 提出共同委托鉴定：若双方对鉴定结果存疑，可协商共同委托另一家权威机构重新鉴定，费用按责任比例分担。此方案需以书面协议确认，避免后续纠纷。

3. 通过法律途径解决争议

   • 投诉至银保监会：若保险公司无合理理由拒绝赔付，您可向当地银保监会投诉，要求其督促保险公司履行赔付义务。
     
   • 提起诉讼：若协商和投诉无果，可直接向法院起诉，将保险公司列为被告，并将司法鉴定结论作为关键证据。法院通常会采纳合法鉴定机构的结论，除非保险公司能提供充分反证。

4. 注意事项

   • 保留完整证据链：包括事故认定书、医疗记录、鉴定报告、与保险公司的沟通记录等，以证明鉴定程序的合法性和结果的合理性。
     
   • 避免单方面接受保险公司指定的鉴定机构：若保险公司要求重新鉴定，需确认其提出的机构是否具备资质，并要求在协议中明确“若新鉴定结果与原结论一致，费用由保险公司承担”。

总结：保险公司反对司法鉴定结论时，您无需妥协，可通过协商、投诉或诉讼维护权益。关键在于确保鉴定程序合法、证据充分，并坚持要求保险公司承担举证责任。若需进一步分析具体案情或协助处理，可随时向我咨询。