结论：政府收取施工单位协调费是否合法，不能一概而论，需根据具体情况判断。以下从不同角度进行分析：

1. 合法性基础与前提

   • 法律依据：政府收取费用必须有明确的法律、行政法规或地方性法规作为依据。若相关法规明确规定了政府可以收取“协调费”或类似费用，且该费用符合法定程序和标准，则收取行为合法。
   • 程序合规性：即使存在收费依据，政府也需按照法定程序进行收费，包括但不限于公开收费标准、提供收费依据、接受监督等。若程序不合规，即使费用本身合法，收取行为也可能因程序瑕疵而被认定为违法。

2. 常见合法情形

   • 行政事业性收费：若“协调费”属于政府为履行特定管理职能而收取的行政事业性收费，且该收费项目已纳入政府非税收入管理，并经过财政、物价等部门的批准，则收取行为合法。
   • 服务性收费：若政府为施工单位提供了特定的服务（如协调解决施工中的纠纷、提供施工便利等），并因此收取合理费用，且该费用与服务内容相符，则收取行为可能合法。但需注意，服务性收费通常需遵循市场原则，不得滥用行政权力强制收取。

3. 可能违法情形

   • 无依据收费：若政府无法提供明确的法律、行政法规或地方性法规作为收费依据，或收费项目未经财政、物价等部门批准，则收取行为可能违法。
   • 滥用行政权力：若政府利用行政权力强制施工单位缴纳“协调费”，或以协调为名行敛财之实，则收取行为可能构成滥用行政权力，违反相关法律法规。
   • 费用不合理：即使收费有依据，若费用标准过高，明显超出合理范围，或政府未提供与费用相符的服务，则收取行为也可能因费用不合理而被认定为违法。

4. 建议与应对措施

   • 核实收费依据：施工单位在面对政府收取“协调费”时，应首先核实该费用是否有明确的法律、行政法规或地方性法规作为依据，并了解该费用是否已纳入政府非税收入管理。
   • 要求公开程序：施工单位有权要求政府公开收费程序、标准等信息，以确保收费行为的透明度和合规性。
   • 寻求法律救济：若施工单位认为政府收取“协调费”的行为违法，可通过行政复议或行政诉讼等法律途径寻求救济。

进一步思考：在实际操作中，政府收取施工单位协调费的情况可能较为复杂，涉及多方利益和法律关系。因此，在判断其合法性时，需综合考虑多种因素，包括但不限于收费依据、程序合规性、费用合理性等。若施工单位对此存在疑问或争议，建议直接向我咨询，以便根据具体情况提供更详细的法律分析和建议。