针对您提出的“未做使用性质变更的机动车发生事故保险公司是否赔偿”的问题，这主要取决于车辆使用性质改变后，车主是否及时通知了保险公司并办理了相应的批改手续。以下是对此问题的详细分析：

一、一般情况下的拒赔风险

当车辆的使用性质发生改变，例如从非营运转为营运，这种改变往往显著增加了车辆的风险程度。如果车主未及时通知保险公司并办理批改手续，那么在发生保险事故时，保险公司通常有权拒赔。这是因为，保险公司最初承保时是基于车辆原有的使用性质和风险程度进行评估的，使用性质的改变使得实际风险与承保时的风险评估不符。

二、通知保险公司并获同意的重要性

根据《保险法》的相关规定，如果保险标的（即车辆）的危险程度显著增加，被保险人（即车主）有义务及时通知保险人（即保险公司）。车主在履行了这一通知义务，并且保险公司同意继续承保或调整了保费后，车辆在改变使用性质后发生的事故，保险公司应当按照保险合同的约定进行赔偿。因此，及时通知保险公司并获得其同意是确保保险赔偿的关键。

三、特殊条款的考量

部分保险合同可能包含特殊条款，规定在某些条件下，即使车辆使用性质发生改变，保险公司仍会承担赔付责任。这些条件可能包括在一定时间内通知保险公司且未增加实质性风险等。因此，车主在签订保险合同时应仔细审查合同条款，了解保险公司的具体规定，以便在需要时能够依据合同条款维护自己的权益。

四、交强险的特别说明

对于交强险而言，根据《机动车交通事故责任强制保险条例》，被保险机动车发生道路交通事故造成本车人员、被保险人以外的受害人人身伤亡、财产损失的，保险公司应当在机动车交通事故责任强制保险责任限额内依法赔偿。但这一赔偿的前提是车辆未改变使用性质或已按规定通知保险公司并调整保费。如果车辆改变了使用性质而未通知保险公司，交强险的赔付也可能受到影响。

五、建议与总结

为了避免后续理赔纠纷，车主在改变车辆使用性质前应尽快与保险公司沟通并办理相关手续。这包括向保险公司提出变更申请、经保险公司审核同意、办理批改手续以及按要求补缴因风险增加而需额外收取的保费。只有这样，才能确保在车辆发生保险事故时获得保险公司的及时赔偿。

综上所述，未做使用性质变更的机动车发生事故时，保险公司是否赔偿取决于车主是否履行了通知保险公司的义务并按照规定办理了相关手续。因此，车主应高度重视这一问题，确保自身权益得到保障。