结论：迟到一分钟算旷工，两次开除是否合法，需结合具体情况判断，一般情况下不合法，但若规章制度合法且员工知晓并同意，则可能合法。以下从不同角度详细分析：
一、从规章制度合法性角度分析
规章制度需合法制定：
- 根据《劳动合同法》第四条，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
- 若用人单位的规章制度未经上述程序制定，或者内容违反法律、行政法规及政策规定，那么该规章制度对劳动者不具有约束力。因此，如果“迟到一分钟算旷工，两次开除”的规定未经合法程序制定，或者内容本身违法，那么这一规定是不合法的。
规章制度需公示或告知劳动者：
- 用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。如果用人单位未将这一规定告知劳动者，劳动者有权主张该规定对其不产生法律效力。
二、从旷工定义及合理性角度分析
旷工的定义：
- 旷工通常指的是劳动者无正当理由未到岗工作。迟到一分钟，虽然违反了工作时间的规定，但并未达到旷工的程度。将迟到一分钟直接认定为旷工，可能缺乏合理性。
合理性的考量：
- 即使规章制度中规定了“迟到一分钟算旷工”，这一规定也可能因缺乏合理性而受到质疑。劳动法律法规在保护用人单位管理权的同时，也注重保护劳动者的合法权益。如果用人单位的规定过于严苛，可能被视为滥用管理权，损害劳动者的利益。
三、从开除的合法性角度分析
开除需符合法定条件：
- 根据《劳动合同法》第三十九条，劳动者严重违反用人单位的规章制度的，用人单位可以解除劳动合同。但这里的“严重违反”需要达到一定的程度，且规章制度本身需合法有效。
- 如果“迟到一分钟算旷工，两次开除”的规定被认定为不合法或不合理，那么用人单位基于此规定开除员工，就可能构成违法解除劳动合同。
开除的程序要求：
- 即使规章制度合法且员工严重违反，用人单位在开除员工时也需要遵循一定的程序要求，如提前通知工会、告知员工解除理由等。如果程序不合法，也可能导致开除行为被认定为违法。
四、建议
- 对用人单位：在制定规章制度时，应确保程序的合法性和内容的合理性。避免制定过于严苛或不合常理的规定，以免引发劳动争议。
- 对劳动者：如果遇到用人单位以不合法或不合理的规定为由进行处罚或开除，可以及时向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
示例：假设某公司规章制度中规定“迟到一分钟算旷工，两次开除”，但这一规定未经职工代表大会讨论，也未告知员工。员工小张因两次迟到一分钟被公司开除。在此情况下，小张可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，主张公司的开除行为违法，要求公司支付赔偿金。
总结：迟到一分钟算旷工，两次开除是否合法，需结合规章制度的合法性、旷工定义的合理性以及开除的合法性等多个角度进行综合判断。如果用人单位的规定不合法或不合理，或者开除程序不合法，那么这一行为就可能构成违法。如有具体法律问题，可以直接向我咨询。