结论前置：旷工三天扣除百分之二十报酬是否合法，需根据具体情况分析。若公司规章制度明确、合法且经过公示或员工同意，并遵循法律规定扣除限额，则可能合法；但通常情况下，直接扣除百分之二十报酬可能超出了合理范围，存在不合法风险。

详细分析：

1. 法律规定角度：

   • 根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可要求赔偿，并从工资中扣除，但每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后剩余工资低于当地月最低工资标准，则需按最低工资标准支付。
   • 旷工作为违反劳动纪律的行为，用人单位有权进行管理和惩戒，但扣除报酬需遵循上述法律规定，即扣除比例和剩余工资标准。直接扣除百分之二十报酬，若未考虑当月工资总额和最低工资标准，可能超出法律允许的扣除范围。

2. 劳动合同与规章制度方面：

   • 用人单位在劳动合同或规章制度中规定旷工扣除报酬的比例时，该条款需满足合法性要求，即经过民主程序制定、向劳动者公示告知，且不违反法律法规的强制性规定。
   • 若规章制度未满足上述条件，或扣除比例过高（如直接扣除百分之二十且未考虑其他因素），则该条款可能无效，用人单位不能据此随意扣除报酬。

3. 合理性分析：

   • 扣除报酬应与旷工行为给用人单位造成的实际损失相匹配。若旷工三天未给用人单位造成显著经济损失，直接扣除百分之二十报酬可能显得过于严苛，缺乏合理性。
   • 合理的扣除比例应综合考虑旷工天数、岗位重要性、用人单位实际损失等因素，确保扣除的报酬既起到惩戒作用，又不损害劳动者的基本生活需求。

4. 特殊情况处理：

   • 在特定情况下，如果劳动者旷工行为确实给用人单位造成了实际且明确的重大经济损失，并且用人单位能够充分举证证明损失金额，那么用人单位有权要求劳动者赔偿损失，并从工资中合理扣除相应款项。
   • 但这种扣除仍需遵循法律规定，即每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，并确保扣除后剩余工资不低于当地月最低工资标准。

综合判断与建议：

• 对于劳动者：若遇到旷工三天被扣除百分之二十报酬的情况，首先应查看公司规章制度和劳动合同中是否有相关约定，并评估扣除比例是否合理、合法。若认为扣除比例过高或存在不合法情况，可与用人单位协商解决；协商无果时，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
• 对于用人单位：在制定相关规章制度时，应确保其内容合法、合理，并严格按照法律规定执行。扣除劳动者报酬时，应充分考虑旷工行为给用人单位造成的实际损失、劳动者的基本生活需求以及法律规定扣除限额等因素，确保扣除的报酬既起到惩戒作用，又不损害劳动者的合法权益。

示例说明：

假设某劳动者月工资为5000元，当地月最低工资标准为2000元。若该劳动者旷工三天，用人单位直接扣除其百分之二十报酬（即1000元），则剩余工资为4000元，高于当地月最低工资标准。但若该劳动者旷工行为未给用人单位造成显著经济损失，且扣除比例未经过民主程序制定和公示告知，则这种扣除可能缺乏合法性和合理性。在这种情况下，劳动者有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。