旷工扣除三倍工资的做法是不合法的。以下是从多个角度对此问题的详细分析：
一、法律依据
《中华人民共和国劳动法》第五十条：
- 工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这一规定明确保障了劳动者的工资权益，禁止用人单位任意扣减工资。
《工资支付暂行规定》第十六条：
- 因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。这一规定限制了用人单位扣除工资的比例和最低工资标准，确保劳动者的基本生活需求。
《中华人民共和国劳动合同法》第三十条：
- 用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。用人单位拖欠或者未足额支付劳动报酬的，劳动者可以依法向当地人民法院申请支付令，人民法院应当依法发出支付令。这一规定进一步强调了用人单位支付劳动报酬的义务和劳动者的权利。
二、合法性分析
旷工扣三倍工资无法律依据：
- 我国没有任何法律法规明确赋予用人单位可以对旷工员工扣三倍工资的权利。因此，从法律层面来看，用人单位无权随意制定如此高额的罚款标准。
扣款额度限制：
- 即使劳动者旷工给用人单位造成了经济损失，按照法规，每月扣除的工资也不得超过当月工资的20%，并且要保证扣除后不低于当地月最低工资标准。旷工扣三倍工资显然超出了这一要求，因此是不合法的。
三、合理性与公平性考量
合理性角度：
- 旷工主要违反的是劳动纪律，而非直接造成等同于三倍工资的经济损失。因此，旷工扣三倍工资过于苛刻，不符合合理性原则。
公平性角度：
- 旷工扣三倍工资可能违背公平原则，使劳动者在劳动关系中处于不利地位。劳动者旷工一天的代价可能远远超过其一天的劳动所得，这显然是不合理的。
四、实际操作中的注意事项
确保员工实际收入不低于最低工资标准：
- 无论何种情况，用人单位在执行扣款时都必须确保员工的实际收入不低于当地最低工资标准。这是法律对劳动者基本生活权益的保障。
规章制度合法合规：
- 用人单位在制定规章制度时，应充分考虑其合理性和公平性，避免制定过于苛刻或不合理的条款。规章制度制定程序需合法（如经过民主程序制定、向劳动者公示等），内容需合理（不能明显畸重），否则可能引发劳动争议和法律纠纷。
经济损失赔偿的合理性：
- 如果劳动者因故意或重大过失给用人单位造成了经济损失，用人单位在扣除工资以弥补损失时，也必须遵循法律规定，即扣款额度不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资低于当地政府所设定的月最低工资标准，则应按照最低工资标准予以发放。
五、劳动者权益保护
沟通协商：
- 如果劳动者认为用人单位旷工扣三倍工资的做法侵犯了其合法权益，可以先与用人单位进行沟通协商，要求其纠正不合理的扣薪行为。
投诉与仲裁：
- 协商不成的，劳动者可以向劳动监察部门投诉，或申请劳动仲裁来维护自身权益。在投诉或仲裁过程中，劳动者应提供相关证据证明用人单位的扣薪行为不合法。
总结与建议：旷工扣除三倍工资的做法是不合法的，用人单位应依法依规处理员工的旷工问题。为避免法律风险，用人单位在制定相关规章制度时应谨慎行事，确保规定的合理性和合法性。同时，劳动者也应了解自己的权益和义务，在遇到不合理规定时及时寻求法律援助。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。