针对公司对公司的资金代保管公证纠纷，起诉对方时可以选择的案由主要取决于纠纷的具体性质和事实情况，以下是一些可能的案由及分析：

1. 委托合同纠纷：

   • 分析：如果双方之间存在明确的资金代保管委托合同，且纠纷源于合同履行过程中的问题，如一方未按照合同约定履行保管义务、擅自使用或处分保管资金等，那么可以选择以“委托合同纠纷”为案由起诉对方。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》中关于委托合同的相关规定，委托人可以要求受托人按照约定履行义务，并承担因违约造成的损失。

2. 不当得利纠纷：

   • 分析：如果一方在没有合法依据的情况下获得了另一方的资金，且该资金本应由另一方保管或所有，那么受损方可以以“不当得利纠纷”为案由起诉对方，要求返还资金及可能产生的利息或损失。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》中关于不当得利的相关规定，得利人没有法律根据取得不当利益的，受损失的人可以请求得利人返还取得的利益。

3. 侵权责任纠纷：

   • 分析：如果一方在资金代保管过程中存在过错行为，如故意或过失导致资金损失、泄露资金信息等，且该行为侵犯了另一方的合法权益，那么受损方可以以“侵权责任纠纷”为案由起诉对方，要求赔偿损失。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》中关于侵权责任的相关规定，行为人因过错侵害他人民事权益造成损害的，应当承担侵权责任。

4. 公证损害责任纠纷（如涉及公证环节）：

   • 分析：如果纠纷与资金代保管的公证环节有关，如公证机构在公证过程中存在过错行为导致公证结果不真实、不合法或给当事人造成损失等，那么当事人可以以“公证损害责任纠纷”为案由起诉公证机构或相关责任方。但需注意，此案由主要针对公证机构及其工作人员，若纠纷主要发生在双方公司之间，且公证仅作为证据或辅助手段，则可能不直接适用。不过，在特定情况下，如公证行为直接导致了纠纷的产生或加剧，也可考虑将此作为辅助案由或相关事实进行阐述。
   • 法律依据：主要依据《中华人民共和国公证法》及相关司法解释中关于公证机构及其工作人员责任的规定。

在选择案由时，建议考虑以下因素：

• 纠纷的具体性质和事实情况：根据纠纷的实际情况选择最符合的案由，以确保诉讼的针对性和有效性。
• 证据的充分性和可靠性：选择案由时需考虑现有证据的充分性和可靠性，以确保能够支持所选案由的主张。
• 诉讼成本和效率：不同案由的诉讼成本和效率可能存在差异，需综合考虑选择最合适的案由以降低诉讼成本并提高诉讼效率。

最后，建议在起诉前咨询专业律师，对案件进行全面评估和分析，以确定最合适的案由和诉讼策略。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。