结论：公司合同上条款规定出项后只发基本工资是否合法，需根据具体情况判断，若该条款违反法律法规强制性规定或显失公平，则可能被认定为无效；若条款合法且双方自愿签署，则可能被认定为有效。以下从不同角度详细分析：
一、合同条款的合法性判断
法律法规的强制性规定：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关规定，劳动合同应当明确约定劳动报酬，且劳动报酬不得低于当地最低工资标准。若合同中“出项后只发基本工资”的条款导致劳动者实际收入低于最低工资标准，则该条款因违反法律法规强制性规定而无效。
- 此外，若该条款剥夺了劳动者依法应享有的其他工资福利（如奖金、津贴等），且没有合理理由，也可能被认定为违法。
合同的公平性原则：
- 合同条款应当遵循公平原则，不得显失公平。若“出项后只发基本工资”的条款明显对劳动者不利，且没有相应的补偿或对价，可能因显失公平而被法院或仲裁机构撤销或变更。
二、合同条款的效力认定
双方自愿签署：
- 若合同条款是双方自愿签署的，且没有违反法律法规强制性规定或显失公平，则该条款可能被认定为有效。但即便如此，如果劳动者在签署时存在重大误解或被欺诈、胁迫等情形，仍可能主张撤销该条款。
条款的明确性和可执行性：
- 合同条款应当明确具体，具有可执行性。若“出项后只发基本工资”的条款表述模糊，或无法明确“出项”的具体含义和范围，可能导致该条款在执行过程中产生争议，甚至被认定为无效。
三、实际操作中的建议
审查合同条款：
- 劳动者在签署劳动合同时，应仔细审查合同条款，特别是关于劳动报酬的条款。如发现条款存在违法或显失公平的情形，应及时提出异议并要求修改。
保留证据：
- 劳动者应保留与劳动报酬相关的证据，如工资条、银行转账记录等。这些证据在后续可能发生的劳动争议中，将作为证明劳动者实际收入情况的重要依据。
寻求法律帮助：
- 如劳动者对合同条款的合法性或效力存在疑问，或认为自己的合法权益受到侵害，应及时向专业律师咨询并寻求法律帮助。
举例说明：假设某劳动者与公司签署的劳动合同中规定“出项后只发基本工资”，且该基本工资低于当地最低工资标准。在此情况下，该条款因违反法律法规强制性规定而无效。劳动者有权要求公司按照法律法规的规定支付劳动报酬，并可能通过法律途径维护自己的合法权益。
进一步思考：在签署劳动合同时，劳动者应充分了解自己的权益和义务，仔细审查合同条款，确保合同条款的合法性和公平性。同时，公司也应遵守法律法规的规定，不得制定违法或显失公平的合同条款，以维护劳动关系的和谐稳定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。