在职人员犯罪的处理是一个涉及多个层面的复杂过程，具体处理方式会根据犯罪的性质、情节以及犯罪主体的身份（如是否为公职人员）而有所不同。以下是一个综合性的解答，涵盖了在职人员犯罪处理的主要方面：

一、刑事法律层面

1. 立案侦查

   • 对于在职人员的犯罪行为，首先会由相应的管辖机关进行立案侦查。如果是公职人员涉嫌职务违法或职务犯罪，将由监察机关依法进行调查；对于非公职人员或非职务相关的犯罪，如交通肇事罪等，则由公安机关等有管辖权的执法机关进行立案侦查。
   • 调查过程中，管辖机关会采取多种措施收集证据，包括谈话、讯问、查询、冻结、搜查等，以确保案件事实清晰，证据确凿。

2. 审查起诉

   • 案件调查终结后，会移送人民检察院进行审查起诉。检察院会对案件事实、证据进行全面审查，确保犯罪事实清楚，证据确实充分。
   • 根据审查结果，检察院会决定是否提起公诉。若犯罪事实清楚，证据确实充分，则提起公诉；若犯罪情节轻微，可作出不起诉决定。

3. 审判与刑罚

   • 法院会对提起公诉的案件进行审理，通过法庭调查、辩论等环节，依据事实和法律作出判决。
   • 若在职人员被判有罪，将面临相应的刑罚，包括管制、拘役、有期徒刑、无期徒刑、死刑等主刑，以及罚金、剥夺政治权利、没收财产等附加刑。

二、单位内部层面

1. 纪律处分

   • 对于在职人员的犯罪行为，单位可根据内部规章制度给予相应的纪律处分，如警告、记过、降级、撤职、开除等，以维护单位秩序和职业道德。

2. 解除劳动合同

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》，若在职人员被依法追究刑事责任，用人单位有权解除劳动合同。这包括被判处刑罚、免予起诉等情况。

3. 追偿损失

   • 若在职人员的犯罪行为给单位造成经济损失，单位有权要求其赔偿。这可以通过协商或民事诉讼方式实现，追索非法所得和经济损失。

三、公职人员特殊处理

对于公职人员在职期间的犯罪行为，除了上述刑事法律层面和单位内部层面的处理外，还可能面临以下特殊处理：

1. 党纪政务处分

   • 若公职人员为中共党员，在违法犯罪情况被查明后，党组织将依据《中国共产党纪律处分条例》给予相应党纪处分，如警告、严重警告、撤销党内职务等，直至开除党籍。
   • 监察机关根据调查结果，依照《中华人民共和国公职人员政务处分法》，对违法的公职人员给予政务处分，包括警告、记过、记大过、降级、撤职、开除等。

2. 丧失公职及相关待遇

   • 公职人员若受开除公职等处分，将失去工作岗位及工资、福利等；被判刑的公职人员在服刑期间也不得享受退休等保障待遇。

3. 从业限制与公开通报

   • 被判刑的公职人员在一定期限内甚至终身可能被禁止进入某些特定行业或担任特定职务。
   • 相关部门可能会对公职人员的违法犯罪行为进行公开通报，以加强监督和教育作用。

四、预防与教育

• 单位应加强对在职人员的法制教育和职业道德教育，提高法律意识和职业操守，从源头上减少犯罪行为的发生。
• 构建风清气正的工作环境，促进单位健康发展。

综上所述，在职人员犯罪的处理是一个综合法律与内部管理于一体的复杂过程。处理时须确保依法依规，兼顾公正与教育预防。同时，加强预防和教育工作是减少犯罪行为、维护单位稳定的重要途径。