法院会根据实际证据情况来处理此类纠纷，核心在于确认借款的真实金额及交付情况，若证据不足，可能仅支持转账的5000元部分。具体分析如下：

1. 证据审查与举证责任
   在民间借贷纠纷中，出借人（原告）需承担举证责任，需证明两点：

   • 双方存在借贷合意（如欠条、借条等书面证据）；
     
   • 借款已实际交付（如转账记录、现金交付的证人证言等）。
     若原告仅提供欠条（载明1.2万元），但转账记录仅显示5000元，法院会要求原告进一步举证剩余7000元的交付方式（如现金交付的细节、时间、地点、证人等）。若无法提供充分证据，法院可能仅认定实际交付的5000元为借款金额。

2. 欠条与转账金额不一致的可能情形

   • 部分现金交付：若被告承认收到部分现金（如7000元），但抗辩金额不符（如实际仅收到3000元），需由被告提供反证（如还款记录、录音等）。若被告无法举证，法院可能结合欠条、双方经济能力、交易习惯等综合判断，但原告仍需承担主要举证责任。
     
   • 利息或费用预先扣除：若原告主张剩余7000元为“砍头息”（预先扣除的利息），根据《民法典》第六百七十条，法院会以实际交付金额（5000元）为本金，并调整利息计算。
     
   • 其他债务关系：若被告主张欠条包含其他债务（如之前借款的利息、赔偿等），需由被告举证证明，否则法院不予采信。

3. 法院的裁判逻辑

   • 优先认定转账记录：转账记录是直接证据，证明力较强，法院通常会以实际转账金额为基础。
     
   • 欠条的辅助作用：欠条可证明双方存在借贷合意，但若金额与转账不符，需其他证据补强（如现金交付的收条、证人证言等）。
     
   • 高度盖然性标准：若双方证据均不充分，法院会根据“高度盖然性”原则（即哪方证据更接近事实真相）作出判断。例如，若原告能详细说明现金交付细节（如时间、地点、资金来源），而被告仅口头否认，法院可能支持原告部分主张。

建议：

• 若您是出借人，需尽快补充证据（如现金交付的收条、证人证言、录音等），以证明剩余7000元已实际交付。
  
• 若您是借款人，可抗辩未收到全部款项，并要求法院驳回超出实际交付部分的诉求。
  
• 无论哪方，均需在诉讼中如实陈述事实，避免虚假陈述导致法律风险（如罚款、拘留等）。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询，我会结合具体证据为您详细分析。