核心结论：在欠条金额与实际转账金额存在差额的情况下，法院会结合证据和法律规定进行综合判断，最终可能按实际转账金额认定借款数额，或根据双方约定及履行情况确定。以下是具体分析：

1. 证据审查是关键

法院审理此类案件时，会重点审查双方提交的证据，包括但不限于：

• 欠条：作为债权债务关系的书面凭证，欠条载明的金额（49万）是重要证据，但并非唯一依据。
• 转账记录：实际转账金额（46万）是证明资金交付的直接证据，法院会将其与欠条金额进行比对。
• 其他证据：如聊天记录、录音、证人证言等，可能用于证明双方对金额的约定或实际履行情况。

法律依据：根据《民法典》第六百七十九条，自然人之间的借款合同自贷款人提供借款时成立。因此，实际转账金额是认定借款数额的重要依据。

2. 法院可能的处理方式

（1）按实际转账金额认定借款数额

若欠条金额与转账金额不一致，且无其他证据证明差额部分（3万）的合法性（如利息、手续费等），法院可能直接以实际转账金额（46万）认定借款数额。

典型情形：

• 借款人主张欠条金额包含利息，但未明确约定或利率超过法定标准；
• 出借人无法证明差额部分已实际交付或属于合法费用。

（2）结合双方约定及履行情况认定

若差额部分有合法依据（如双方约定利息、手续费等），且出借人能提供证据证明，法院可能按约定金额认定。

典型情形：

• 欠条中明确约定利息或费用，且利率合法；
• 借款人书面确认差额部分（如补签协议、出具收条等）。

3. 风险提示与建议

• 对出借人：若欠条金额与实际转账不一致，建议补充证据（如借款人书面确认差额、约定利息的合法性等），否则可能面临差额部分不被法院支持的风险。
• 对借款人：若已实际收到46万，但欠条写49万，可主张按实际金额履行，并要求出借人返还多写的欠条或修改金额。

总结：法院会以实际转账金额为基础，结合双方约定及证据综合判断借款数额。若您涉及此类纠纷，建议整理相关证据（欠条、转账记录、沟通记录等），以便更准确地维护权益。如有进一步问题，可直接向我咨询。