针对施工单位拒不配合竣工验收结算的问题，建设单位可以采取以下措施，这些措施均基于相关法律法规的规定：

1. 明确法律依据与合同条款

   • 法律依据：根据《建设工程质量管理条例》第十六条，建设单位在收到建设工程竣工报告后，应组织设计、施工、工程监理等有关单位进行竣工验收。施工单位有义务配合竣工验收，并提交相关技术档案和施工管理资料等。若施工单位拒不配合，将违反该条例的规定。
   • 合同条款：建设单位应详细查阅与施工单位签订的《建设工程施工合同》，特别关注关于竣工验收、结算申报、违约责任等关键条款。合同中通常会明确规定施工单位提交结算报告的时间节点、付款条件以及未按时提交结算报告应承担的违约责任。

2. 书面催告与沟通协商

   • 发送书面催告函：建设单位应向施工单位发送正式的书面催告函，明确指出其拒不配合竣工验收结算的违约行为，并要求施工单位在限定的合理期限内（如15个工作日内）提交完整的结算资料并配合验收。催告函应通过可靠方式送达，并保留好送达凭证。
   • 友好沟通与协商：在发出催告函后，建设单位应积极与施工单位进行沟通，了解其拒不配合的具体原因，并尝试通过友好协商解决问题。可以组织双方参加的结算协商会议，形成会议纪要，记录协商过程和双方达成的共识。

3. 采取法律手段

   • 委托律师发律师函：若施工单位经催告后仍不配合，建设单位可以委托专业律师向施工单位发送律师函，进一步阐述其违约性质以及可能面临的法律后果，督促其尽快履行义务。
   • 提起诉讼或仲裁：若施工单位依旧无动于衷，建设单位可以根据合同中的争议解决条款，向有管辖权的人民法院提起诉讼或向约定的仲裁机构申请仲裁。在诉讼或仲裁过程中，建设单位可以申请对工程造价进行司法鉴定，由专业的鉴定机构根据工程实际情况确定工程造价。
   • 申请强制执行：若法院或仲裁机构作出判决或裁决后，施工单位仍不履行义务，建设单位可以向法院申请强制执行，要求施工单位配合竣工验收结算并承担相应的违约责任。

4. 行政投诉与第三方检测

   • 向相关行政主管部门投诉：建设单位可以向相关行政主管部门投诉施工单位拒不配合竣工验收结算的行为，请求其介入调查处理。行政主管部门有权对施工单位进行处罚，并督促其配合验收结算。
   • 寻求第三方检测：若施工单位对工程质量存在争议，建设单位可以考虑寻求有资质的第三方机构对工程进行检测评估。若评估合格，可作为后续使用或交付的依据。但施工单位仍需承担拒绝配合验收结算的法律责任。

5. 证据收集与保存

   • 在整个处理过程中，建设单位应特别注意收集和保存与工程建设、结算相关的各类证据材料，包括但不限于合同文件、施工过程中的往来函件、电子邮件、工程变更通知、竣工验收报告、催告函、律师函及送达凭证、会议纪要、谈判记录等。这些证据将在后续可能的法律程序中发挥重要作用。

法律后果与风险提示：

• 若施工单位拒不配合竣工验收结算，将构成违约，需承担违约责任，包括支付违约金和赔偿损失。
• 如因此导致工程逾期交付，施工单位还需对建设单位与第三方的合同履行产生的连锁损失负责。
• 建设单位在采取法律手段时，应确保自身行为的合法性和合规性，避免因程序不当而引发新的法律风险。

建议与总结：

• 面对施工单位拒不配合竣工验收结算的问题，建设单位应综合运用法律手段、协商沟通和行政投诉等多种方式，以确保问题得到有效解决。
• 在处理过程中，建设单位应注重证据的收集和保存工作，以便在后续可能的法律程序中维护自身权益。
• 若遇到复杂或疑难问题，建议及时向我咨询，以便获得更专业、更全面的法律支持。