在没有实质证据证明施工单位挂靠的情况下，法院通常不会直接判定用工主体责任，但会结合其他证据和事实进行综合判断。以下从不同角度为你详细分析：
法律原则与证据规则
证据原则：在民事诉讼中，证据是认定事实的基础。根据“谁主张，谁举证”的原则，主张施工单位存在挂靠关系的一方需要提供充分的证据来支持其主张。如果没有实质证据，如书面挂靠协议、资金往来记录、管理关系证明等，法院难以直接认定挂靠关系的存在。
综合判断：尽管缺乏直接证据，但法院在审理案件时，会综合考虑所有相关证据和事实，包括但不限于合同签订情况、工程款支付方式、现场管理情况、人员配备等，以判断是否存在挂靠关系。如果这些间接证据能够形成完整的证据链，且足以证明挂靠关系的存在，法院仍有可能认定用工主体责任。
可能的法律后果与判断依据
用工主体责任的认定：用工主体责任通常与挂靠关系紧密相连。如果法院认定施工单位存在挂靠关系，那么根据相关法律法规，被挂靠单位可能需要承担用工主体责任，包括支付工资、提供劳动保护等。然而，这一认定必须基于充分的证据支持。
举证责任转移：在某些情况下，如果主张挂靠关系的一方提供了初步证据，而另一方无法提供反驳证据或解释不合理，法院可能会根据举证责任分配原则，将举证责任转移给另一方。但这并不意味着没有实质证据就能直接判定用工主体责任，而是要求另一方提供证据来反驳初步证据。
实务建议与风险防范
加强证据收集：对于主张施工单位存在挂靠关系的一方，应尽可能收集全面、充分的证据，包括书面协议、资金往来记录、现场照片、证人证言等，以形成完整的证据链。
谨慎对待口头协议：口头协议在法律上虽然有效，但在实际诉讼中往往难以证明。因此，建议各方在签订合同时尽量采用书面形式，并明确约定各自的权利和义务。
咨询专业律师：在涉及挂靠关系和用工主体责任的案件中，法律关系复杂且证据要求严格。因此，建议当事人在诉讼前咨询专业律师，了解相关法律法规和诉讼风险，以便更好地维护自己的合法权益。
总结来说，虽然没有实质证据证明施工单位挂靠时法院不会直接判定用工主体责任，但法院会结合其他证据和事实进行综合判断。因此，当事人在诉讼中应尽可能提供充分、全面的证据来支持自己的主张，并咨询专业律师以获取更具体的法律建议。如果你有进一步的法律问题或需要更详细的法律分析，可以直接向我咨询。