针对您提出的“实控人纵容取得虚开发票怎么处理”这一问题，我们需要从税务处理和刑事处理两个层面进行详细分析。
一、税务处理
善意取得与恶意取得的区分：
- 善意取得：若实控人是在不知情的情况下，纵容公司取得了虚开发票，且后续能证明业务的真实性，并重新从销售方取得合法、有效的发票，那么税务机关在处理时可能会考虑不予行政处罚或从轻处罚。但即便如此，公司仍需补缴与虚开发票相关的增值税、企业所得税等税款，并可能面临滞纳金和一定比例的罚款。
- 恶意取得：若实控人明知发票为虚假，仍纵容公司取得并使用该发票进行抵扣税款或列支成本，那么税务机关将依法对纳税人处以罚款，罚款金额视情节轻重而定。同时，公司需补缴相关税款并加收滞纳金。若构成犯罪，还将移送司法机关处理。
具体税务处理措施：
- 无论善意还是恶意取得，公司都需配合税务机关的调查，提供相关证据和资料。
- 根据税务机关的认定，公司需及时补缴税款、滞纳金和罚款。
- 若涉及重新取得合法发票，公司应尽快与销售方沟通，确保发票的合法性和有效性。
二、刑事处理
虚开发票罪：
- 根据《中华人民共和国刑法》第二百零五条之一，虚开发票（包括增值税专用发票和其他具有出口退税、抵扣税款功能的发票以外的发票）情节严重的，构成虚开发票罪。
- 若实控人纵容公司取得虚开发票，且情节严重，可能面临二年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处罚金的刑事处罚。若情节特别严重，处罚将更为严厉。
单位犯罪与个人责任：
- 若公司构成单位犯罪，除对公司判处罚金外，实控人作为直接负责的主管人员，也将依法承担刑事责任。
- 刑事责任的承担将依据实控人在虚开发票行为中的具体作用和情节严重程度进行判定。
其他相关罪名：
- 若虚开发票行为还涉及逃税、骗取出口退税、贪污等其他犯罪行为，实控人还可能触犯逃税罪、骗取出口退税罪、贪污罪等相关罪名，面临更严厉的刑事处罚。
三、建议与措施
加强内部管理：
- 公司应建立健全的发票管理制度，确保发票的合法性和有效性。
- 加强对实控人和财务人员的培训和教育，提高其对虚开发票行为的认识和警惕性。
积极配合调查：
- 若公司涉及虚开发票问题，应积极配合税务机关和司法机关的调查，提供相关证据和资料。
- 主动说明情况，争取从轻或减轻处罚。
寻求专业帮助：
- 在处理虚开发票问题时，公司可寻求专业律师或税务顾问的帮助，确保处理方式的合法性和有效性。
综上所述，实控人纵容取得虚开发票的处理将依据具体情况而定，涉及税务处理和刑事处理两个层面。公司应加强内部管理，积极配合调查，并寻求专业帮助以应对可能面临的法律风险。