在劳动争议案件起诉调解后，税务部门追缴社保主要遵循以下流程和原则：

1. 调解协议内容是关键：

   • 调解协议中若明确约定了社保的补缴责任、金额及期限，税务部门将依据该协议内容，要求用人单位按照约定进行补缴。
   • 若调解协议未涉及社保补缴，但劳动争议本身涉及社保问题，税务部门在接到相关部门的通知或用人单位主动申报后，仍会依法进行追缴。

2. 税务部门的追缴流程：

   • 通知与催缴：税务部门会首先向用人单位发出社保补缴通知，明确补缴的险种、金额、期限等，并要求用人单位在规定期限内完成补缴。
   • 核查与计算：税务部门会对用人单位的社保缴费情况进行核查，包括缴费基数、缴费比例等，确保补缴金额的准确性。若用人单位对补缴金额有异议，税务部门会进行复核并解释。
   • 强制执行：若用人单位在规定期限内未完成补缴，税务部门会依法采取强制执行措施，如冻结银行账户、划拨资金等，确保社保费用的及时入库。

3. 用人单位的配合义务：

   • 用人单位应积极配合税务部门的追缴工作，提供必要的缴费凭证、财务报表等资料，以便税务部门准确核算补缴金额。
   • 若用人单位存在故意隐瞒、谎报缴费情况等违法行为，税务部门将依法进行处罚，并可能将案件移送至相关部门进行进一步处理。

4. 劳动者的权益保障：

   • 劳动者在劳动争议案件起诉调解后，若发现用人单位未按照调解协议或法律规定补缴社保，可以向税务部门举报或投诉。
   • 税务部门在接到劳动者的举报或投诉后，会依法进行调查处理，并保障劳动者的合法权益不受侵害。

建议：

• 对于用人单位而言，应严格遵守社保法律法规，及时足额为劳动者缴纳社保费用，避免引发劳动争议和税务部门的追缴。
• 对于劳动者而言，应关注自己的社保缴费情况，若发现用人单位存在未缴、少缴等违法行为，应及时向相关部门举报或投诉，维护自己的合法权益。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。