用总部的规章制度处罚子公司的员工，是否合法需分情况讨论，具体分析如下：
一、规章制度适用范围明确且子公司员工知晓并同意的情况
- 规章制度适用范围：若总部的规章制度中明确规定了其适用范围包括子公司员工，并且这一规定不违反法律法规的强制性规定，那么从规章制度本身来看，它是有可能适用于子公司员工的。
- 员工知晓与同意：关键在于子公司员工是否知晓并同意这些规章制度。如果子公司员工在入职时或后续工作中，通过培训、签署文件等方式明确知晓并同意了总部的规章制度，那么在这些规章制度不违反法律法规的前提下，用总部的规章制度处罚子公司员工在法律上可能是被接受的。
- 实际案例与司法实践：在实际操作中，法院或仲裁机构会审查规章制度是否经过民主程序制定、是否公示或告知劳动者、内容是否合法合理等因素。如果总部的规章制度满足这些条件，并且子公司员工确实违反了这些规定，那么处罚可能是合法的。
二、规章制度未明确适用子公司员工或子公司员工不知晓、不同意的情况
- 规章制度未明确适用：如果总部的规章制度中没有明确规定其适用于子公司员工，那么用这些规章制度来处罚子公司员工就缺乏明确的法律依据。
- 员工不知晓或不同意：即使规章制度中规定了适用于子公司员工，但如果子公司员工并不知晓这些规定，或者明确表示不同意，那么用这些规章制度来处罚他们也是不公平的，甚至可能是违法的。
- 法律后果：在这种情况下，子公司员工有权对处罚提出异议，并可能通过法律途径维护自己的权益。如果处罚被认定为违法，子公司可能需要承担相应的法律责任，如撤销处罚、赔偿损失等。
三、特殊情况：子公司具有独立法人资格
- 独立法人资格：如果子公司具有独立的法人资格，那么它通常拥有自己独立的规章制度和人事管理权。在这种情况下，总部的规章制度一般不能直接适用于子公司员工，除非子公司明确同意或规章制度中有特别约定。
- 法律关系：子公司作为独立法人，与总部是两个独立的法律主体。它们之间的规章制度不能相互替代或直接适用，除非有明确的法律或合同依据。
法律建议
- 审查规章制度：总部和子公司应共同审查现有的规章制度，确保其内容合法、合理，并明确规定适用范围。
- 员工培训与告知：对于适用于子公司员工的规章制度，应确保子公司员工知晓并同意这些规定。可以通过培训、签署文件等方式进行告知和确认。
- 寻求法律帮助：如果在这方面存在疑问或争议，建议及时咨询专业律师，以确保规章制度的合法性和有效性，并维护员工的合法权益。
总结来说，用总部的规章制度处罚子公司员工是否合法，取决于规章制度的适用范围、子公司员工的知晓与同意情况，以及子公司是否具有独立法人资格等因素。在实际操作中，应确保规章制度的合法性和合理性，并尊重员工的知情权和同意权。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。