结论：公司连续两月工资发错，第三月要求扣发多发的部分，这一行为是否合法需分情况讨论。一般情况下，公司不能直接单方面扣发工资，但若符合特定条件，如双方协商一致或符合法定扣减情形，则可能合法。
详细分析：
公司单方面扣发工资的合法性：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，工资是劳动者提供劳动后应得的报酬，用人单位应当按时足额支付。公司不能仅因之前多发工资就单方面决定在第三月扣发，这种行为可能构成对劳动者权益的侵害。
- 若公司未经劳动者同意，擅自扣发工资，劳动者有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，要求公司支付被扣发的工资及可能的赔偿。
双方协商一致的情况：
- 如果公司与劳动者就扣发多发工资的事宜进行了协商，并达成了书面或口头的一致意见，那么公司按照协商结果扣发工资是合法的。
- 在这种情况下，建议双方签订书面协议，明确扣发的金额、时间、方式等，以避免后续纠纷。
符合法定扣减情形的情况：
- 根据相关法律法规，用人单位在特定情况下可以扣减劳动者的工资，如劳动者因个人原因给用人单位造成经济损失、违反用人单位规章制度等。
- 但这些扣减必须符合法定条件和程序，且扣减的金额不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。
- 在本案例中，如果公司能证明多发工资是由于劳动者的过错或违反规章制度导致的，且扣减符合上述法定条件和程序，那么公司扣发工资可能是合法的。
建议与行动：
- 劳动者：如果公司要求扣发多发工资，应首先与公司进行协商，了解扣发的原因和依据。如果认为公司的扣发行为不合法或不合理，可以向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁。
- 公司：在处理多发工资的问题时，应遵守相关法律法规，与劳动者进行充分沟通，并尽量通过协商解决问题。如果确实需要扣发工资，应确保扣发行为符合法定条件和程序，并保留相关证据以备后续争议。
可能后果：
- 如果公司未经劳动者同意擅自扣发工资，可能面临劳动监察部门的处罚和劳动者的法律诉讼，需要支付被扣发的工资及可能的赔偿。
- 如果双方能够协商一致或公司扣发行为符合法定条件和程序，则可能避免法律纠纷和额外损失。
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