在行政处罚案件中，若当事人拒不配合调查，调查可能会因特定情形而被中止。以下是对这些情形的详细解析：

1. 当事人下落不明

   • 解析：当执法人员无法通过常规方式联系到当事人，如店铺关闭、店主失联等，导致案件调查难以推进时，行政机关可以依法作出中止调查的决定。这是为了确保调查的合法性和公正性，避免在无法获取当事人陈述和证据的情况下做出不准确的行政处罚决定。

2. 当事人被依法采取强制措施

   • 解析：若当事人因涉嫌犯罪或其他原因被刑事拘留、逮捕等，人身自由受限，无法配合调查，此时调查工作应中止。待强制措施解除后，行政机关应及时恢复调查。这是因为当事人在被采取强制措施期间，其配合调查的能力受到限制，无法有效参与调查过程。

3. 涉及当事人主体资格变化的情形

   • 具体情形：包括当事人死亡或被宣告失踪、丧失行为能力、法人或其他组织终止等。在这些情形下，当事人的法律权益需由其继承人、近亲属、法定代理人或其他利害关系人承接。因此，在明确这些人员是否参与调查之前，案件调查应中止。
   • 法律依据：虽然直接的法律条文可能并未明确提及这些情形下的中止调查，但根据行政处罚的公正性、准确性和合法性原则，以及保障当事人合法权益的要求，行政机关在实践中会依法作出中止调查的决定。

4. 证据方面的原因

   • 具体情形：包括关键证据需要鉴定、检测等且时间较长，或证据灭失、难以取得等。在这些情形下，案件调查可能因证据不足或无法获取而中止。
   • 解析：对于专业性强的案件，关键证据需通过鉴定、检测来确定其真实性等。若耗时较长，行政机关可以依法作出中止调查的决定，待结果出具后再继续。若因不可抗力、意外事件等导致关键证据灭失或难以取得，行政机关也应中止调查，待进一步寻找或确认证据后再决定是否继续。

5. 法律适用方面的原因

   • 具体情形：包括法律、法规、规章发生变更，或对法律适用存在重大争议，或相关案件未审结等。在这些情形下，案件调查可能因法律适用问题而中止。
   • 解析：若调查期间相关法律法规发生变更，可能影响案件定性和处理结果。此时，行政机关应中止调查，待研究新法规后再继续。若执法人员、当事人或法律专家对法律条款理解和适用存在分歧，需进一步研究、论证或请示上级机关时，也应中止调查。若行政处罚决定需以其他案件的裁判结果或行政决定为依据，而相关案件尚未审结或决定尚未作出时，调查工作也应中止。

6. 其他客观原因

   • 具体情形：包括不可抗力或意外事件，或涉及国家秘密、商业秘密等需要保密等。在这些情形下，案件调查可能因客观原因而中止。
   • 解析：自然灾害、社会突发事件等不可抗力或意外事件导致调查无法正常开展时，行政机关应依法作出中止调查的决定。待影响消除后再恢复调查。若案件涉及国家秘密、商业秘密等特殊情况，在保密问题未妥善解决前，行政机关也应中止调查，待保密措施到位后再继续。

总结与建议：

在行政处罚案件中，若当事人拒不配合调查，行政机关应依法审查是否存在上述中止调查的情形。若存在，应及时作出中止调查的决定，并书面通知当事人。待中止调查的情形消除后，行政机关应及时恢复调查，以确保案件的妥善处理。

若您在行政处罚案件中遇到拒不配合调查或中止调查的情形，欢迎直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议。