结论：是否需要支付工程款，取决于主体结构质量问题的具体情况以及合同中的相关约定。以下从不同角度进行分析：

1. 合同约定优先：

   • 如果建设工程合同中明确约定了主体结构出现质量问题时的处理方式，包括是否支付工程款、支付比例、支付条件等，那么应当首先遵循合同约定。例如，合同可能规定，在主体结构出现质量问题且未修复前，发包方有权暂停支付工程款。

2. 质量问题严重性：

   • 如果主体结构的质量问题严重到影响工程的安全性和使用功能，甚至构成危房，那么根据《民法典》及相关建设工程法规，承包方可能需要承担修复、返工或赔偿等责任。在此情况下，发包方有权根据合同约定或法律规定，暂停或减少支付工程款，直至问题得到解决。
   • 如果质量问题相对轻微，不影响工程的安全性和使用功能，或者可以通过简单修复解决，那么发包方可能仍需按照合同约定支付工程款，但可以要求承包方承担修复费用或相应责任。

3. 责任归属与因果关系：

   • 需要确定主体结构的质量问题是否由承包方的施工行为导致。如果质量问题是由于承包方施工不当、材料不合格等原因造成的，那么承包方应承担相应责任，发包方有权根据合同约定或法律规定调整工程款支付。
   • 如果质量问题是由于设计缺陷、发包方提供的材料问题或其他非承包方原因造成的，那么承包方可能不承担直接责任，发包方仍需按照合同约定支付工程款，但可以向责任方追偿。

4. 法律程序与救济途径：

   • 在发生主体结构质量问题时，双方应首先通过协商、调解等方式解决争议。如果协商、调解无果，可以依据合同中的仲裁条款或事后达成的仲裁协议向仲裁机构申请仲裁，或者依法向人民法院提起诉讼。
   • 在法律程序进行中，法院或仲裁机构会根据合同约定、法律规定以及实际情况，对工程款支付问题作出裁决或调解。

建议：

• 对于发包方而言，在发现主体结构质量问题时，应及时通知承包方，并要求其采取修复措施。同时，应仔细审查合同条款，了解自己在质量问题发生时的权利和义务。
• 对于承包方而言，应积极配合发包方进行质量问题的修复工作，并承担相应的责任。如果认为质量问题非自身原因造成，应及时收集证据并主张自己的权益。

可能后果：

• 如果发包方无正当理由拒绝支付工程款，可能构成违约行为，需要承担违约责任，包括支付违约金、赔偿损失等。
• 如果承包方对质量问题负有责任且未采取修复措施或未承担相应责任，发包方有权根据合同约定或法律规定采取法律手段维护自己的权益，包括暂停支付工程款、要求赔偿损失等。

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