结论：案涉工程存在主体结构质量问题时，是否可以拒付进度款不能一概而论，需根据具体情况判断。以下从不同角度进行分析：

1. 合同约定角度：

   • 合同有明确约定：如果建设工程合同中明确约定了工程存在主体结构质量问题时，发包方有权拒付进度款，那么发包方可以依据合同条款拒付。这种情况下，合同条款是双方意思自治的体现，具有法律约束力。
   • 合同无明确约定：若合同中未明确约定工程存在质量问题时发包方可以拒付进度款，那么发包方不能直接以此为由拒付。此时，发包方可能需要通过其他法律途径来主张权利，如要求承包方承担修复费用、赔偿损失等。

2. 法律规定角度：

   • 工程质量责任：根据《中华人民共和国建筑法》及相关法律法规，承包方对工程质量负有法定责任。如果工程存在主体结构质量问题，承包方应当承担修复责任，并可能面临行政处罚或民事赔偿。
   • 进度款支付：进度款的支付通常与工程进度和合同约定相关。在工程质量不符合约定或法定标准的情况下，发包方有权要求承包方进行整改，但并不意味着可以直接拒付进度款。除非合同中有明确约定或法律有特别规定，否则发包方应按照合同约定支付进度款，同时可以通过其他方式追究承包方的质量责任。

3. 实际操作角度：

   • 协商与沟通：在工程存在质量问题时，发包方和承包方应首先通过协商和沟通来解决问题。双方可以就质量问题的修复、进度款的支付等事项达成一致意见，并签订补充协议或会议纪要等文件作为依据。
   • 法律途径：如果协商无果，发包方可以通过法律途径来主张权利。例如，可以向法院提起诉讼或申请仲裁，要求承包方承担修复费用、赔偿损失等。同时，发包方也可以要求法院或仲裁机构对进度款的支付进行裁决。

法律建议：

• 对于发包方而言，在签订建设工程合同时，应明确约定工程质量标准、质量责任、进度款支付等条款，以便在工程出现质量问题时能够依据合同条款主张权利。
• 在工程实施过程中，发包方应加强对工程质量的监督和管理，及时发现并解决问题。如果发现工程存在质量问题，应及时与承包方沟通并要求其进行整改。
• 如果协商无果或承包方拒绝整改，发包方应及时通过法律途径来主张权利，避免损失扩大。

可能法律后果：

• 如果发包方未经合同约定或法律特别规定而直接拒付进度款，可能构成违约行为，需要承担违约责任，如支付违约金、赔偿损失等。
• 如果工程存在主体结构质量问题且承包方拒绝整改或整改不到位，发包方有权要求承包方承担修复费用、赔偿损失等民事责任，并可能面临行政处罚。

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