针对您提出的问题，即三年前签订的协议现在被告不承认，声称是现在签的，以下是我的详细分析和建议：

1. 协议的真实性与有效性：

   • 首先，要确认协议本身的内容是否合法、有效。如果协议内容违反了法律法规的强制性规定，或者存在欺诈、胁迫等情形，那么该协议可能自始无效。但在此情况下，我们假设协议内容合法有效。
   • 协议上的证人签名和手印是证明协议真实性的重要证据。如果证人能够出庭作证，或者提供书面证言，证明协议是在三年前签订的，那么这将大大增强协议的真实性。

2. 被告的抗辩与反驳：

   • 被告声称协议是现在签的，这是一种抗辩。为了反驳这一抗辩，您需要提供充分的证据证明协议是在三年前签订的。
   • 除了证人证言外，您还可以考虑提供其他证据，如协议签订时的相关记录（如会议记录、邮件往来等）、协议履行过程中的证据（如付款记录、交货单等），以及可能存在的其他目击者或相关证据。

3. 证据的收集与保全：

   • 证据的收集是关键。您应尽快收集所有与协议签订和履行相关的证据，包括但不限于书面证据、电子证据、证人证言等。
   • 如果某些证据可能灭失或以后难以取得，您可以考虑向法院申请证据保全，以确保这些证据能够被妥善保存并用于后续的诉讼。

4. 法律程序与诉讼策略：

   • 如果双方无法协商解决争议，您可能需要考虑通过法律途径解决。在此之前，建议您咨询专业律师，制定详细的诉讼策略。
   • 在诉讼过程中，您需要按照法院的要求提交证据，并可能需要进行庭审辩论。律师将帮助您准备相关材料，并在庭审中为您辩护。

5. 可能的法律后果：

   • 如果法院最终认定协议是在三年前签订的，且内容合法有效，那么被告的抗辩将被驳回，您有权要求被告按照协议履行义务或承担违约责任。
   • 如果法院认定协议存在瑕疵或无效，那么您可能需要根据具体情况考虑其他法律救济途径，如要求重新签订协议、赔偿损失等。

建议行动：

• 立即收集并整理所有与协议签订和履行相关的证据。
• 尽快咨询专业律师，制定详细的诉讼策略。
• 如果可能，尝试与被告进行协商，看是否能够达成和解协议，以避免不必要的法律纠纷。

在处理此类合同纠纷时，证据的充分性和真实性至关重要。因此，我建议您务必重视证据的收集和保全工作，并在必要时寻求专业律师的帮助。如果您有任何进一步的法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。