行政机关撤回已作出的行政处罚决定后继续调查的，需严格遵循法定程序并确保程序合法性，具体处理方式如下：

1. 撤回决定的合法性审查
   行政机关撤回行政处罚决定需有明确法律依据（如《行政处罚法》第48条“行政机关发现行政处罚有错误的，应当主动改正”），且需符合法定情形（如证据不足、程序违法、适用法律错误等）。若撤回决定本身违法（如无合理理由随意撤回），可能面临行政复议或诉讼中被撤销的风险。

2. 继续调查的程序要求

   • 重新立案或补充调查：若原处罚决定因证据不足撤回，行政机关需重新收集证据或补充调查，确保事实清楚、证据充分。调查过程中应保障当事人陈述、申辩权，必要时可举行听证。
     
   • 程序衔接：撤回决定与继续调查需无缝衔接，避免因程序中断导致证据灭失或调查超期。例如，若原处罚决定因程序违法撤回，重新调查时需严格遵守法定程序（如告知权利、听取意见等）。
     

3. 对当事人权利的影响及救济

   • 权利保障：撤回决定本身不直接否定当事人行为合法性，但继续调查可能对当事人产生新的影响（如重新处罚）。行政机关需及时告知当事人撤回原因及后续调查计划，避免“以撤代罚”或程序不透明。
     
   • 救济途径：若当事人认为撤回决定或继续调查违法，可依法申请行政复议或提起行政诉讼。例如，若行政机关以“证据不足”为由撤回处罚但未重新调查，当事人可主张行政不作为。
     

4. 实务建议

   • 行政机关角度：撤回决定需经内部法制审核，避免随意性；继续调查时应制作详细笔录，固定证据链；最终处理结果需与撤回原因逻辑一致（如原因系“证据不足”，则新处罚需有充分证据支持）。
     
   • 当事人角度：若收到撤回通知，可要求行政机关出具书面决定并说明理由；若认为继续调查违法，可及时通过复议或诉讼维权，避免因拖延丧失救济时机。
     

总结：行政机关撤回处罚决定后继续调查，需以合法性为前提，严格遵循程序要求，并充分保障当事人权利。若您涉及具体案件，可进一步提供细节，我将结合案情分析法律风险及应对策略。