在诉讼过程中，申请人对医疗损害鉴定意见提出异议时，鉴定机构应当给予答复，且法院会对该异议进行审查处理。以下从多个角度进行详细分析：
一、鉴定机构应答复的法律依据与理由
程序公正性要求：
- 医疗损害鉴定意见作为诉讼中的重要证据，其公正性、客观性和准确性直接关系到案件的审理结果。当申请人对鉴定意见提出异议时，鉴定机构有义务进行答复，以确保鉴定程序的公正性和透明性。
鉴定机构职责所在：
- 鉴定机构在接受委托进行医疗损害鉴定时，就承担了提供专业、客观、准确鉴定意见的职责。当申请人对鉴定意见提出合理质疑时，鉴定机构应当积极回应，解释鉴定过程、依据和结论，以消除申请人的疑虑。
保障当事人诉讼权利：
- 申请人作为诉讼当事人，有权对鉴定意见提出异议，并要求鉴定机构进行答复。这是当事人诉讼权利的重要组成部分，也是确保诉讼公正、公平的重要保障。
二、法院对异议的审查处理
审查异议的合理性：
- 法院在收到申请人对医疗损害鉴定意见的异议后，会首先审查异议的合理性。如果异议具有合理依据，法院会要求鉴定机构进行答复或重新鉴定；如果异议缺乏合理依据，法院可能会驳回异议，继续采用原鉴定意见作为证据。
组织专家论证或重新鉴定：
- 在某些情况下，法院可能会组织专家对鉴定意见进行论证，或者根据申请人的请求委托其他鉴定机构进行重新鉴定。这是为了确保鉴定意见的准确性和公正性，维护当事人的合法权益。
作为裁判依据：
- 法院在审查处理异议后，会将最终的鉴定意见作为裁判的重要依据。如果鉴定意见被采纳，法院会依据其结论进行判决；如果鉴定意见未被采纳，法院会根据其他证据和事实进行裁判。
三、实际操作中的注意事项
及时提出异议：
- 申请人应当在收到鉴定意见后及时提出异议，并说明异议的理由和依据。逾期提出异议可能会影响法院对异议的审查处理。
提供充分证据：
- 申请人在提出异议时，应当提供充分的证据支持其异议。这有助于法院审查异议的合理性，并作出正确的裁判。
尊重鉴定机构的专业意见：
- 虽然申请人有权对鉴定意见提出异议，但也应当尊重鉴定机构的专业意见。在提出异议时，应当保持客观、理性的态度，避免无理取闹或恶意攻击。
总结与建议：
在诉讼过程中，如果申请人对医疗损害鉴定意见提出异议，鉴定机构应当给予答复，且法院会对该异议进行审查处理。为了确保异议得到妥善处理，申请人应当及时提出异议、提供充分证据，并尊重鉴定机构的专业意见。如果您在医疗医患（事故责任及赔偿）领域遇到任何法律问题，欢迎直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。