结论：公司侵犯知识产权时，员工是否有责任需分情况讨论，主要取决于员工在公司侵权行为中的角色、行为性质以及主观过错程度。以下从不同角度详细分析：
1. 员工无直接责任的情况
- 普通员工不知情：若员工仅为公司普通职员，未参与侵权行为（如生产、销售侵权产品），且对公司的侵权行为不知情或无法合理预见，通常不承担法律责任。例如，一名生产线工人按公司正常流程生产产品，不知产品存在侵权问题，一般不构成侵权。
- 职务行为合法性：若员工的行为属于职务行为，且行为本身合法（如按公司要求采购原材料，但公司后续将原材料用于侵权产品），员工不因职务行为本身承担责任，除非员工明知或应知公司行为违法仍协助实施。
2. 员工可能承担责任的情况
- 直接参与侵权行为：若员工直接参与侵权行为（如设计侵权产品、伪造商标、销售侵权商品），且主观上存在故意或过失（如明知产品侵权仍继续生产或销售），则员工可能构成共同侵权或单独侵权，需承担民事赔偿责任，甚至可能面临行政处罚或刑事责任。
- 民事责任：根据《民法典》第1168条，二人以上共同实施侵权行为，造成他人损害的，应当承担连带责任。若员工与公司构成共同侵权，需与公司共同赔偿权利人损失。
- 行政责任：若侵权行为违反《商标法》《专利法》等行政法规，员工可能被行政机关处以罚款、没收违法所得等处罚。
- 刑事责任：若侵权行为构成犯罪（如假冒注册商标罪、侵犯著作权罪），员工可能被追究刑事责任，面临有期徒刑、罚金等刑罚。
- 管理层或关键岗位员工的特殊责任：若员工为公司管理层或关键岗位人员（如法定代表人、董事、经理），且对公司侵权行为负有管理或监督职责，可能因未履行法定义务（如未制止侵权行为、未及时采取补救措施）而被认定为“帮助侵权”或“过失侵权”，需承担相应责任。
3. 员工责任减免的例外情形
- 执行公司决策的合理性：若员工执行公司决策的行为符合行业惯例或公司内部规章制度，且员工已尽合理注意义务（如要求公司提供合法授权文件），可能因“善意履行职务”而减免责任。
- 公司独立人格的隔离：在一般情况下，公司作为独立法人，其侵权行为由公司承担责任，员工不因职务行为直接对公司债务负责。但若员工滥用公司独立地位（如与公司财产混同、过度控制公司），可能被“刺破公司面纱”，对公司债务承担连带责任（但此情形较少见，且需严格证据支持）。
法律建议
对员工而言：
- 若发现公司存在侵权行为，应立即向公司高层或合规部门报告，并保留书面记录。
- 避免直接参与侵权行为，如已参与，应立即停止并寻求法律帮助。
- 若被追究责任，可主张“不知情”或“已尽合理注意义务”等抗辩理由，但需提供充分证据。
对公司而言：
- 应建立完善的知识产权合规制度，定期对员工进行培训，避免侵权风险。
- 若发生侵权，应积极与权利人协商解决，减少损失扩大。
- 避免将侵权责任转嫁至员工，尤其是普通员工，以免引发劳动纠纷或社会舆论风险。
总结：公司侵犯知识产权时，员工是否有责任需结合具体案情判断。若您或您所在的公司涉及此类问题，可直接向我咨询，我将根据具体情况提供详细法律分析。