招标代理费由中标人支付，这一做法并非绝对，而是基于招标人与中标人之间的明确约定以及相关法律法规的规定。以下是对这一问题的详细分析：
一、法律法规依据
《中华人民共和国招标投标法》：
- 该法确立了招标投标活动应当遵循公开、公平、公正和诚实信用的原则。虽然未直接规定招标代理费由谁支付，但为招标代理服务费用的支付安排提供了法律框架，即应在符合法律规定和市场规则的前提下，由招标人和中标人通过约定来确定。
《招标代理服务收费管理暂行办法》及后续修改文件：
- 最初规定招标代理服务费用应由招标人支付，但后续文件修改为“招标代理服务费用应由招标人支付，招标人、招标代理机构与投标人另有约定的，从其约定。”这一修改为招标代理费由中标人支付提供了政策依据。
《政府采购代理机构管理暂行办法》：
- 规定代理费用可以由中标、成交供应商支付，也可由采购人支付。若由中标、成交供应商支付，则供应商报价应当包含代理费用，这进一步确认了中标人支付招标代理费的合法性。
《民法典》中关于第三人代为履行的规定：
- 规定了“第三人代为履行制度”，即当事人可以约定由第三人向债权人履行债务。这为招标人与招标代理机构约定招标代理费由中标人支付提供了法律依据。
二、招标合同约定
招标文件规定：
- 招标人在编制招标文件时，应明确规定招标代理费的支付方式、金额及时间等关键条款。如果规定由中标人支付，那么中标人在参与投标时就应知晓并接受这一条件。一旦中标，中标人有义务按照招标文件的规定支付招标代理费。
委托代理合同约定：
- 招标人与招标代理机构签订的委托代理合同中，可能会约定由中标人支付招标代理费。这种约定是双方真实意思的表示，只要不违反法律法规的强制性规定，对各方当事人都具有约束力。
三、实际操作中的考虑因素
行业惯例与市场规则：
- 在某些行业或领域，由中标人支付招标代理费已经成为一种通行的做法，并被广泛接受和认可。这种行业惯例为中标人支付招标代理费提供了一定的依据。
市场竞争与商业策略：
- 在市场竞争激烈的情况下，中标人可能为了获得中标机会，愿意承担招标代理费。这是中标人基于自身的商业考虑和市场策略做出的选择。
费用合理性与透明度：
- 无论招标代理费由哪一方支付，都应确保费用的收取符合国家相关收费标准和规定，且费用金额应合理、透明，避免引发不必要的争议。
四、注意事项与风险提示
履行期限的合法性：
- 中标人支付的招标代理费履行期限应当在招标人与中标人签订书面合同后。若招标文件要求支付的时间点在签订书面合同前，甚至在发出中标通知书前要求支付，这是不合法的。
收费标准的合规性：
- 招标代理服务收费应实行市场调节价，双方应参考相关标准，并以实际服务的内容、质量要求、市场供需和物价变化为定价基础，结合招标项目规模、工程等级、技术难易程度以及服务深度等确定代理服务费额度。
合同条款的明确性：
- 招标文件和合同中应明确招标代理费的支付方式、金额、时间等关键条款，以避免后续产生争议。
总结与建议：招标代理费由中标人支付并非绝对，而是基于招标人与中标人之间的明确约定以及相关法律法规的规定。在实际操作中，应确保这些约定和规定符合法律法规的要求，以避免潜在的纠纷和风险。如果您在招投标活动中遇到相关问题或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。