公司应依据法律规定和实际情况，合法、合理、人性化地处理员工中风不能胜任工作的情况，具体处理方式需分情况讨论：
医疗期内的处理
- 保障医疗期权益：根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，员工因中风需要停止工作医疗时，公司应给予一定期限的医疗期。医疗期的具体长度根据员工实际工作年限和在本单位工作年限确定，一般为3个月到24个月不等。在医疗期内，公司不得解除劳动合同，且应按照规定支付病假工资或疾病救济费，标准不得低于当地最低工资标准的80%。
- 关注员工健康：公司应关心员工的健康状况，可以定期了解员工的康复进展，提供必要的帮助和支持，如协助申请医疗救助、提供康复建议等。
医疗期满后的处理
- 评估工作能力：医疗期满后，如果员工仍不能从事原工作，也不能从事由公司另行安排的工作，公司应依据《劳动合同法》第四十条的规定，提前三十日以书面形式通知员工本人或者额外支付员工一个月工资后，可以解除劳动合同。但在此之前，公司必须确保已经为员工提供了适当的岗位调整或培训机会，且员工确实无法胜任。
- 支付经济补偿：如果公司决定解除劳动合同，应根据员工在公司的工作年限，按照每满一年支付一个月工资的标准向员工支付经济补偿。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向员工支付半个月工资的经济补偿。这里的月工资是指员工在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。
- 考虑特殊情况：如果员工中风属于工伤范畴（如因工作原因导致），则公司应按照《工伤保险条例》的规定处理，包括支付工伤医疗费用、提供工伤康复待遇、支付一次性伤残补助金等。在这种情况下，公司不得随意解除劳动合同，除非员工存在严重违反公司规章制度等法定解除情形。
人性化关怀与协助
- 提供心理支持：中风不仅影响员工的身体健康，还可能对其心理造成打击。公司可以提供心理咨询服务，帮助员工调整心态，积极面对康复过程。
- 协助申请社会救助：如果员工家庭经济困难，公司可以协助其申请社会救助或慈善援助，减轻经济负担。
- 保持沟通：在整个处理过程中，公司应与员工保持密切沟通，了解其需求和困难，尽量提供必要的帮助和支持。
行动建议：
- 审查公司制度：公司应审查内部规章制度，确保关于病假、医疗期、岗位调整、解除劳动合同等规定符合法律法规要求。
- 咨询专业意见：在处理此类复杂情况时，建议公司咨询专业律师或人力资源专家，确保处理方式合法合规，避免潜在的法律风险。
- 关注员工动态：公司应持续关注员工的健康状况和康复进展，根据实际情况灵活调整处理方案，体现公司的人文关怀。