乙公司是否会被处罚取决于具体情况，但通常情况下，若乙公司明知甲公司非法转包仍参与，或乙公司自身存在违法行为，则可能面临处罚。以下从不同角度为你详细分析，并提供相关案例参考：
一、法律背景与规定
根据《中华人民共和国招标投标法》第四十八条：“中标人应当按照合同约定履行义务，完成中标项目。中标人不得向他人转让中标项目，也不得将中标项目肢解后分别向他人转让。”以及《中华人民共和国建筑法》第六十七条：“承包单位将承包的工程转包的，或者违反本法规定进行分包的，责令改正，没收违法所得，并处罚款，可以责令停业整顿，降低资质等级；情节严重的，吊销资质证书。”
这些规定明确禁止了中标人非法转包的行为，并规定了相应的法律责任。若甲公司中标政府项目后非法转包给乙公司，甲公司无疑将面临法律处罚。而乙公司作为转包行为的接受方，其是否会被处罚，则取决于其是否知情以及是否参与了违法行为。
二、乙公司可能面临的处罚情况
若乙公司明知甲公司非法转包仍参与：
- 在这种情况下，乙公司可能被视为共同违法者，与甲公司共同承担法律责任。乙公司可能面临责令改正、没收违法所得、罚款等行政处罚，甚至可能面临停业整顿、降低资质等级或吊销资质证书等更严厉的处罚。
若乙公司不知情或未参与违法行为：
- 如果乙公司对甲公司的非法转包行为并不知情，且自身在合同履行过程中没有违法行为，那么乙公司可能不会直接受到处罚。但是，乙公司可能因合同无效而面临经济损失，如无法获得应得的工程款等。
三、相关案例参考
案例一：某市政府项目中标后非法转包案
- 案情简介：甲公司中标某市政府项目后，未经允许将项目转包给乙公司。乙公司在不知情的情况下接受了转包，并在合同履行过程中投入了大量资金和人力。后因甲公司非法转包行为被揭露，项目被叫停。
- 处理结果：甲公司因非法转包被处以罚款、没收违法所得，并责令停业整顿。乙公司虽不知情，但因合同无效无法获得应得的工程款，且因项目叫停遭受了经济损失。乙公司通过法律途径向甲公司追偿，最终获得了部分赔偿。
案例二：乙公司明知非法转包仍参与案
- 案情简介：甲公司中标某市政府项目后，与乙公司协商将项目转包给乙公司。乙公司明知甲公司非法转包仍接受转包，并在合同履行过程中存在偷工减料等违法行为。
- 处理结果：甲公司和乙公司均因非法转包和违法行为被处以罚款、没收违法所得，并责令停业整顿。乙公司还因偷工减料等违法行为被降低了资质等级。
四、法律建议
对于乙公司：
- 在接受任何转包项目前，务必核实转包方的合法性和项目的真实性。
- 确保合同内容合法合规，避免参与任何非法转包行为。
- 如发现转包方存在违法行为，应立即停止合作并向相关部门举报。
对于甲公司：
- 严格遵守法律法规，不得非法转包中标项目。
- 如需分包部分工程，应确保分包方具备相应资质，并签订合法合规的分包合同。
如果你或你的公司遇到类似法律问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议和解决方案。