结论：法人不是您老板的情况下，其签订的工资协议是否合法，需根据具体情况判断，主要看其是否获得合法授权以及工资协议内容是否合法合规。以下从不同角度为您详细分析：
一、法人签订工资协议的合法性基础
法人代表公司行使职权：
- 法人作为公司的法定代表人，有权代表公司签订各类合同，包括工资协议。但前提是，法人必须是在其职权范围内，或者获得了公司的合法授权来签订这些协议。
授权情况：
- 如果法人获得了公司股东会、董事会或相关管理层的明确授权，来签订工资协议，那么其签订的协议是合法的。
- 如果法人未经授权，擅自签订工资协议，那么该协议可能因缺乏合法授权而无效，或者对公司不产生约束力（但可能对法人个人产生法律责任，如构成无权代理或表见代理等情形）。
二、工资协议内容的合法性
遵守法律法规：
- 工资协议的内容必须遵守国家相关的法律法规，如《劳动法》、《劳动合同法》等。例如，工资不得低于当地最低工资标准，加班工资的计算必须符合法定标准等。
公平合理：
- 工资协议应当公平合理，不得存在显失公平或欺诈等情形。如果工资协议中的条款明显偏向公司一方，损害了员工的合法权益，那么该协议可能因显失公平而被撤销或变更。
三、实际案例与法律建议
实际案例：
- 假设某公司法人未经公司授权，擅自与员工签订了工资协议，且协议中的工资标准低于当地最低工资标准。后来，员工发现这一问题并提起诉讼。在这种情况下，法院可能会认定该工资协议无效，因为法人缺乏合法授权，且协议内容违反了法律法规。
法律建议：
- 对于员工：在签订工资协议前，务必确认签订协议的人是否具有合法授权，并仔细阅读协议内容，确保自己的合法权益不受损害。如果发现协议存在问题，应及时与公司沟通或寻求法律帮助。
- 对于公司：应建立健全的授权机制，确保法人或其他代表公司在签订工资协议时具有合法授权。同时，应加强对工资协议内容的审核，确保协议内容合法合规、公平合理。
四、特殊情况下的考虑
- 表见代理：即使法人未经公司授权签订工资协议，但如果员工有理由相信法人具有代理权（如法人之前一直代表公司签订类似协议），且员工是善意的、无过失的，那么该协议可能构成表见代理，对公司产生约束力。但这种情况较为复杂，需要具体分析。
总结与进一步行动建议：法人不是您老板的情况下，其签订的工资协议是否合法，需综合考虑其授权情况和协议内容。如果您对此存在疑问或担忧，建议直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律分析和建议。